Gromacs模拟非标准残基蛋白总是报错出现invalid order for directive bondtypes

DwyaneWan · 发表于 Post on 2020-12-11 01:52:14

最近在模拟非标准残基蛋白和有机小分子的反应，用的力场是charmm36。蛋白是用charmm-gui生成的拓扑文件，小分子使用cgenff生成的拓扑文件。我把atomtypes提出来做了一个文件夹，然后将蛋白和小分子的itp依次include，可是grompp总是报错出现invalid order for directive bondtypes。我觉得应该是bondtypes angletypes是不是只能出现一次？如果是这样的话，因为我的小分子是用cgenff生成的，所以在top文件里会包含include /../.../../charmm36.ff/forcefield.itp。这样按照我的方法很难避免只出现一次bondtypes这些参数。
如果还是要用charmm力场的话，应该怎么去修改top文件中include次序？
最后一个问题是对于非标准残基蛋白的拓扑文件的生成，除了charmm-gui还有什么方法可以生成其他种类的力场itp文件呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-11 21:00:13

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Gromacs模拟非标准残基蛋白”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-11 21:15:17

顺序完全一团糟。把每个include的itp里都有什么字段、是什么顺序、都展开之后是什么样都想清楚自然就知道该怎么include或者修改itp了

DwyaneWan · 发表于 Post on 2020-12-12 05:02:45

sobereva 发表于 2020-12-11 21:15
顺序完全一团糟。把每个include的itp里都有什么字段、是什么顺序、都展开之后是什么样都想清楚自然就知道该 ...

昨天下午好好整理了下，终于可以了。老师，如果不把charmm-gui生成的拓扑文件里的bondtypes删去，grompp之后会出现invalid order for directive bondtypes。删去的话可以正常运行程序。但是我用cgenff生成的小分子拓扑文件里删去bondtype这些参数，运行grompp会出现缺少bondtype的错误。那老师我把蛋白的bondtype删去会对结果有影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-13 04:37:38

DwyaneWan 发表于 2020-12-12 05:02
昨天下午好好整理了下，终于可以了。老师，如果不把charmm-gui生成的拓扑文件里的bondtypes删去，grompp ...

放对了位置自然就完美解决了

王肖索 · 发表于 Post on 2025-6-25 10:01:16

DwyaneWan 发表于 2020-12-12 05:02
昨天下午好好整理了下，终于可以了。老师，如果不把charmm-gui生成的拓扑文件里的bondtypes删去，grompp ...

想问一下解决了吗，我也是用cgenff做的小分子参数（prm和itp）在运行grompp也是prm出现错误，是要把prm 中的bondtypes放在复合物top里面是吗?

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