求助，运行gromacs出现Atomtype py not found

万年流星 · 发表于 Post on 2020-12-16 21:17:13

如图，运行em时报错Atomtype py not found，所有itp的atomtypes都写到top文件中了，看到有py，不知道是哪里出错了，求问该怎么修改？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-16 23:00:18

显然[atomtypes]不能放在这个位置。老生常谈的问题

万年流星 · 发表于 Post on 2020-12-17 10:15:17

sobereva 发表于 2020-12-16 23:00
显然[atomtypes]不能放在这个位置。老生常谈的问题

sob老师，更改了顺序该问题不出现了，可是出现了新问题，
Fatal error:number of coordinates in coordinate file (PDS1P_PET.gro, 16555) does not match topology (topol.top, 16668)
检查两个itp文件，一个113个原子，一个147个原子，top中147个原子的分子个数为5, 113个原子的分子个数为140，自己计算的总原子个数为16555个，与gro文件一致，却提示这个，不知是哪里的错误，力场全部为gaff,文件见附件

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-12-19 06:19:54

万年流星发表于 2020-12-17 10:15
sob老师，更改了顺序该问题不出现了，可是出现了新问题，
Fatal error:number of coordinates in coordi ...

PET 的itp文件后面多了几行，多定义了一个PET分子，删去这几行就好。

[ system ]
PET

[ molecules ]
; Compound nmols
PET 1

万年流星 · 发表于 Post on 2020-12-19 10:07:17

SherryLiu 发表于 2020-12-19 06:19
PET 的itp文件后面多了几行，多定义了一个PET分子，删去这几行就好。

[ system ]

大意了

，改完后可以了，非常感谢

王肖索 · 发表于 Post on 2024-10-29 17:19:36

SherryLiu 发表于 2020-12-19 06:19
PET 的itp文件后面多了几行，多定义了一个PET分子，删去这几行就好。

[ system ]

老师我请教一下我是一样的问题，但我是只有一个itp,按照楼主的思路也是出现数目不对，itp也没有后面的
[ system ]
这些东西，最后到[ dihedrals ] ; impropers
这个问题要怎么解决呢

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[GROMACS] 求助，运行gromacs出现Atomtype py not found