md模拟失败，但是找不到失败的原因，不知道应该怎么修改步骤

karme · 发表于 Post on 2020-12-17 15:39:57

本帖最后由 karme 于 2020-12-17 16:03 编辑

对蛋白和配体进行了md模拟（gromacs前已经进行了对接，对接结果有多个氢键，结合能也还行），结果却十分不理想，甚至是失败，我的步骤是根据gromacs tutorial上做的
采用了charmm36力场，tip3水分子，100ns的md后,温度、压强、密度都没有什么问题，都平衡了。
修正了轨迹，进行配体重原子的rmsd分析，请问大概是哪里出了问题呢，不太懂原因

希望各位大神可以多多请教，不甚感激

后面我也想看看nvt与npt后，配体重原子的变化，发现也很奇怪，但是我不知道怎么修改，也不知道怎么分析

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 06:54:41

你的描述里完全没体现“md模拟失败”到底是怎么失败

如果是配体跑出去了，原因极多，诸如小分子的拓扑信息和原子电荷有问题，与配体作用残基的质子化态考虑不当，初始结构太差，等等

用VMD好好看看轨迹弄清楚到底发生了什么，比贴一大堆抽象的图有意义得多

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] md模拟失败，但是找不到失败的原因，不知道应该怎么修改步骤

浏览过的版块