Openbabel转化小分子进行虚拟筛选，小分子的化学键结构发生改变

panernie

各位老师好，我在使用openbabel进行格式转换，将pubchem下载的SDF-->vina识别的pdbqt，并进行虚拟筛选。
openbabel是一款非常流行的分子模拟工具，支持上百种结构的转化，然后在转化过程中我遇到了问题。如下第一图（绿色）所示，从pumchem中下载SDF格式的结构，其中间部位具有不饱和双键。

随后，我用openbabel将格式转化为pdbqt，并按照pH7.2条件添加极性氢，并进行MMFF94力场进行能量最小化，随后赋予小分子gasteiger电荷。
转化后的pdbqt图片（青色）如下：
很明显其结构发生了改变，中间的不饱和双键变化了单键，而羟基中O与C相连的单键也变成了双键。因此，如果按照转化的结构进行虚拟筛选结果会出现很大问题，原本不可扭转的键将发生扭转。

liyuanhe211

涉及这么多步骤，问之前自己先做好工作，排除出到底其中哪一步改变了结构。

panernie

liyuanhe211 发表于 2021-1-25 09:03
涉及这么多步骤，问之前自己先做好工作，排除出到底其中哪一步改变了结构。

感谢老师回复，我发现转到pdb或者mol2格式，其结构都是正常的，但是转化成pdbqt就出现上述情况。不过我使用gview和Avogadro查看是正常的，可能是pymol软件识别问题。

gkxiao

标准的PDBQT因为仅含部分氢，所以根据原子坐标重建结构会有键级与电荷识别错误的问题。需要用恰当的方法归属键级与电荷，如果你的可视化工具这方面能力不足，就会这样。同时，Vina家族软件计算结果为PDBQT格式，读入时也会有这个问题。在Bing或pubmed等检索PDBQT 键级（bond order）你就可以找到修复方法。国内也就王任小团队做过相关工作。

panernie

gkxiao 发表于 2022-1-13 23:04
标准的PDBQT因为仅含部分氢，所以根据原子坐标重建结构会有键级与电荷识别错误的问题。需要用恰当的方法归 ...

感谢回复，这是一年前的帖子。问题已经解决。

Bioinfomatics

您好，请问您最终是如何解决的呢？我也遇到了类似的问题。使用openbabel将smi转化为mol2，mol2在discovery studio中看是正常的，但是使用autodock tools将mol2转化为pdbqt文件后，在discovery studio中看，化学键全是断裂的。但是使用pymol看却是正常的，化学键没有断裂。

panernie

Bioinfomatics 发表于 2023-10-31 09:56
您好，请问您最终是如何解决的呢？我也遇到了类似的问题。使用openbabel将smi转化为mol2，mol2在discovery  ...

软件判断不一致，可以不用关注它

Drunk_bear

panernie 发表于 2022-1-13 23:12
感谢回复，这是一年前的帖子。问题已经解决。

您好，我想请教一下openbabel能量最小化，我用命令行了但是显示找不到力场，力场是要单独去哪里下吗？还是我打错代码了
C:\Users\xxx\Desktop\2>obabel -imol2 10.mol2 -opdbqt -O 70_%n.pdbqt -minimize -ff AMBER -m
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open AMBER
10 molecules converted

panernie

Drunk_bear 发表于 2024-4-11 16:25
您好，我想请教一下openbabel能量最小化，我用命令行了但是显示找不到力场，力场是要单独去哪里下吗？还 ...

如果你是批量的话，用rdkit。如果是单个分子的话，用avgadro软件会方便一些。我记得obabel没有amber力场，你可以试一试MMFF94