求教lincs shake settle三种算法实际应用上的区别，非常感谢！

Kimmy

请问各位老师：
1、 lincs shake只需要mdp里用constraints= hbonds; constraint-algorithm = lincs or shake说明，再加上define = -DFLEXIBLE；gromacs即自动按分子itp里的键长键角实施？
2、 用lincs或shake（不是settle）模拟水分子时一般不需要限制H-O-H键角或H-H距离，只需要限制O-H键长吧？
3、 而settle则把O-H和H-H距离都限制了，所以settle限制的水分子比只限制O-H键长的lincs shake水更刚性些？
4、 一般说rigid水分子的时候，是否指的是O-H及H-H距离都限制了（settle）或H-O-H键角及O-H距离（shake）都限制了的水；而不包括只限制O-H键长的水？
5、 文献中很少见到限制键角的（不局限水分子，各种分子都有），是不是因为键角力常数较小，弯曲振动周期长，对于2fs的模拟步长而言，并不需要加以限制？

多谢各位老师，大师提点；感激不尽~

sobereva

1 是

2 分清楚限制和约束的区别，注意表述的严谨性。LINCS、SHAKE、SETTLE都是约束算法，而限制不需要特殊的算法。

一般不会有人用LINCS和SHAKE约束水的。

3 你若用LINCS、SHAKE也约束了水的键角，同样使得水成为刚性，和用SETTLE的结果在原理上没区别。如果只约束了O-H键，水的键角还能波动

4 整个水成为刚性，不光是O-H键长不变

5 一般情况下没有任何理由约束键角，不带来明显好处，只会引入人为虚假因素

bobosiji

sobereva 发表于 2021-1-27 10:56
1 是

2 分清楚限制和约束的区别，注意表述的严谨性。LINCS、SHAKE、SETTLE都是约束算法，而限制不需要特 ...

多谢sob老师回复~不好意思再问一下：
“4 整个水成为刚性，不光是O-H键长不变”
问题：那么，约束H-H距离或H-O-H角度，两者有一个即可？

“3 你若用LINCS、SHAKE也约束了水的键角，同样使得水成为刚性，和用SETTLE的结果在原理上没区别。如果只约束了O-H键，水的键角还能波动 5 一般情况下没有任何理由约束键角，不带来明显好处，只会引入人为虚假因素”
问题：如果一定要用LINCS、SHAKE约束水，则H-H距离或H-O-H角度也得同时限制？不限制就算错？
此时您提的“一般情况下没有任何理由约束键角”里的“一般情况下”不包括模拟水吧？
对于lincs，因为不能限制键角，只能限制H-H距离，所以还得在itp的 [bonds] 里写上H-H键长么？
多谢sob老师，各位老师提点~~

sobereva

bobosiji 发表于 2021-1-27 11:39
多谢sob老师回复~不好意思再问一下：
“4 整个水成为刚性，不光是O-H键长不变”
问题：那么，约束H-H距 ...

HOH角度和HH距离约束其中一方就够了，效果一样

SETTLE是最适合约束水分子用的，没必要考虑其它的