计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10773|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 有机物分子在溶剂庚烷中npt过程求助

[复制链接 Copy URL]

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

请教老师。我做一个npt模拟除了很多问题
我的体系是有机物分子在溶剂庚烷中。
1.对纯庚烷模拟正常
2.对单独有机物分子真空中模拟正常
3.把有机物分子放入庚烷溶剂中和对纯有机物分子的npt模拟过程就报错
报错情况有两种


EM过程我做了两万步
温度设为0K又可以正常跑,退火将温度升高速度减慢升高到200K还是报错。

我一开始都用的RESP电荷,后来把有机物分子的电荷都改为0又可以正常运行,所以是不是电荷的问题还有压力设置有问题。


`I%I]B95)GMSHM5EIUB]JJU.png (11.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

`I%I]B95)GMSHM5EIUB]JJU.png

@[4GVWBH5Q$72Q_R488Y$SJ.png (14.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

@[4GVWBH5Q$72Q_R488Y$SJ.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-1-28 20:43:49 | 只看该作者 Only view this author
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

并且也凭化学直觉检验下RESP电荷的合理性。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-28 20:59:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

谢谢社长,我使用的生成的GAFF力场文件。纯有机物液体也不能跑

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-28 22:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

社长,请教您双精度的gromacs是什么意思呢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-1-29 19:16:05 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-1-28 22:06
社长,请教您双精度的gromacs是什么意思呢。
浮点数用双精度浮点变量而非单精度浮点变量的GROMACS版本,浮点数记录精度更高,但计算速度也更慢
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 11:53 , Processed in 0.165350 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list