有偿求助分析MS界面处的密度随时间变化

cxw-suzy · 发表于 Post on 2021-2-8 15:49:15

我想分析MS中建立的溶剂层和溶质层组成盒子（如下图所示）跑完动力学后，单独的溶剂层和溶质层随模拟时间变化的曲线。MS好像不能直接分析得到此数据，想有偿求助得到此分析结果，价格可商议。

EdwardLimit · 发表于 Post on 2021-2-9 15:56:41

本帖最后由 EdwardLimit 于 2021-2-9 15:58 编辑

两个问题，一个建议
两个问题：
1.溶剂看的出来是水分子，溶质是啥？
2.你应该用的是界面模型考察两者的相溶性，为啥你的模型有那么大的真空层，是否考察过NPT系综?
一个建议：
如果像考察溶剂溶质密度随时间沿某一方向分布变化，只需要按照一定的时间间隔取MD过程的快照，然后对这些快照对应的坐标文件做密度分布即可，MS的具体操作我不知道，但肯定有这个功能。

cxw-suzy · 发表于 Post on 2021-2-10 07:55:01

EdwardLimit 发表于 2021-2-9 15:56
两个问题，一个建议
两个问题：
1.溶剂看的出来是水分子，溶质是啥？

溶质固定了不能跑npt，如果想得到单独的溶质和溶剂层的密度随时间变化，不是沿着某一方向的，类似那种能量或者温度那种随时间变化，应该如何操作啊

EdwardLimit · 发表于 Post on 2021-2-10 10:19:02

cxw-suzy 发表于 2021-2-10 07:55
溶质固定了不能跑npt，如果想得到单独的溶质和溶剂层的密度随时间变化，不是沿着某一方向的，类似那种能 ...

你是照着文献做的嘛？你这模型我觉得不太行的样子，我建议你把你想要研究的宏观问题说清楚，这里有人会根据你的宏观问题帮你设计微观的模型。

cxw-suzy · 发表于 Post on 2021-2-10 15:11:12

EdwardLimit 发表于 2021-2-10 10:19
你是照着文献做的嘛？你这模型我觉得不太行的样子，我建议你把你想要研究的宏观问题说清楚，这里有人会根 ...

是回复审稿人的问题。想说明这个模型达到平衡，审稿人说可以用溶剂层和溶质层密度变化来说明

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