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[Amber] 为什么得到模拟文件时只有部分步数,模拟就停止了,而且没有报错?

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请问一下,我设置了模拟步数为5000000步,得到的输出文件只进行到30000步,如下图(后面没有任何数据,显然不完整),难道是体系崩了吗,但是模拟并没有报错,我检查了前面文件并没有数据缺失等问题,这跟我哪一部分设置有关?该怎么解决?麻烦指点一下,感谢!

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发表于 Post on 2021-2-24 11:26:39 | 只看该作者 Only view this author
让轨迹保存频率高一些,然后看看最后一帧有无异常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-24 23:10:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-24 11:26
让轨迹保存频率高一些,然后看看最后一帧有无异常

我试了两次,每次都运行到80ps,然后就停了,没有报错,不知道什么原因。

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发表于 Post on 2021-2-26 14:56:11 | 只看该作者 Only view this author
等等 发表于 2021-2-24 23:10
我试了两次,每次都运行到80ps,然后就停了,没有报错,不知道什么原因。

所以我让你看最后一帧的结构检查有无异常
你的截图里完全不体现出错的原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 15:03:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-26 14:56
所以我让你看最后一帧的结构检查有无异常
你的截图里完全不体现出错的原因

感谢sob老师,后来把轨迹频率调佷小才让它正常运行,我猜是模拟体系变化太剧烈以致于崩了。

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