建议：Multiwfn输出的molden文件加上印记

beefly · 发表于 Post on 2021-2-26 10:46:34

各种量子化学程序产生的molden文件质量参差不齐。为了避免额外的检查和处理，建议Multiwfn给自己产生的molden文件加入一些标记。比如
[Title]
This file was generaged by Multiwfn

biogon · 发表于 Post on 2021-2-26 11:33:54

确实很有必要，有些软件的非标准molden真的是会让人头疼

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-26 11:56:30

已更新官网上的Multiwfn，导出的molden文件示例：
[Molden Format]
[Title]
Generated by Multiwfn  Date: 2021-02-26 Time: 12:01:00
[Atoms] AU
O    1 8 -0.0000000 -0.0000000    0.2254594
H    2 1    0.0000000    1.4342133 -0.9018378
...略

但愿不会导致某些程序不兼容

我个人很希望以后有量化程序支持mwfn格式，彻底避免molden文件的各种弊端。

beefly · 发表于 Post on 2021-2-26 19:41:09

sobereva 发表于 2021-2-26 11:56
已更新官网上的Multiwfn，导出的molden文件示例：
[Molden Format]
[Title]

谢谢！
我觉得可以让mwfn支持二分量相对论计算产生的复数轨道因子和密度矩阵。目前已经有了绘制二分量波函数的程序（见Int J Quantum Chem. 2018, 118, e25683；J. Phys. Chem. A 2019, 123, 3223；ADF-GUI虽然很早就支持，但是显示是错的），但是没有被大家接受的波函数据格式。Gaussian的fchk虽然可以用，但是冗余信息太多了。mwfn可以把二分量波函数的格式定义好，先占个位子，然后就会有人主动写接口了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-27 19:41:14

beefly 发表于 2021-2-26 19:41
谢谢！
我觉得可以让mwfn支持二分量相对论计算产生的复数轨道因子和密度矩阵。目前已经有了绘制二分量波 ...

我对二分量波函数的分析了解不多，如果有相应格式定义的建议欢迎告诉我，我写入mwfn的chemrxiv上的文档里作为标准定义

beefly · 发表于 Post on 2021-2-27 22:52:24

sobereva 发表于 2021-2-27 19:41
我对二分量波函数的分析了解不多，如果有相应格式定义的建议欢迎告诉我，我写入mwfn的chemrxiv上的文档里 ...

System information部分

Wfntype：可以加入一个二分量的GHF或GKS波函类型。其它情况的二分量波函数（如Kramers-RHF，Kramers-UHF，以及二分量高级从头算）可以很容易地转成GHF/GKS的形式，因此二分量计算有GHF/GKS类型就足以代表了。

Naelec/Nbelec：不需要改。虽然二分量情况下没有alpha/beta电子，但是有moment-up/moment-down之分，可以借用与alpha/beta有关的数据。

Orbital information部分

如果标量计算保存轨道因子的数组为cmo(nbas,nmo)，那么GHF/GKS二分量波函数的数组就是cmo(2,2,nbas,2*nmo)，其中第一个指标2用于保存轨道因子的实部和虚部，第二个指标2表示每个基函数与自旋+1/2或-1/2的组合，最后一个指标表示轨道（严格的说法是旋量spinor）的个数。GHF/GKS的轨道占据数只能是0或1。

用G09或G16分别对He原子做“rhf/3-21g pop=full”和“ghf/3-21g pop=full”计算，可以直观地看出两种轨道因子格式的差别。

Various matrices部分

保存density matrix、1-eHamiltonian、potential energy matrix、dipole moment matrix的数组大小为(2,2*nbas,2*nbas)，其中第一个指标2表示矩阵元的实部和虚部。其它矩阵和标量相同，仍然是(nbas,nbas)。

一种处理方法是加入一个实型/复型的标记。

另一种处理方法是不引入新的标记，但在某些矩阵名称中标明是实部还是虚部，然后矩阵的实部和虚部分开存储。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-27 23:50:45

beefly 发表于 2021-2-27 22:52
System information部分Wfntype：可以加入一个二分量的GHF或GKS波函类型。其它情况的二分量波函数（如Kra ...

谢谢你的建议。我记下来，等有时间时仔细研究考虑一下

胡成伟 · 发表于 Post on 2022-9-23 14:08:15

sobereva 发表于 2021-2-27 23:50
谢谢你的建议。我记下来，等有时间时仔细研究考虑一下

请问老师，二分量的波函数分析您加入到multiwfn了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-24 00:56:38

胡成伟发表于 2022-9-23 14:08
请问老师，二分量的波函数分析您加入到multiwfn了吗？

无。可预见的未来没打算支持二分量

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