Gromacs中cluster命令下的-av 是怎样输出平均结构的？

slater · 发表于 Post on 2021-2-27 01:16:25

我想要得到一批蛋白质构象的平均结构，我使用了下面的命令：
<gmx cluster -f input.pdb -s topol.tpr -cutoff 20 -method gromos -av>
Gromacs文档说，cluster命令下'-av'选项可以输出cluster下的平均构象，这样的构象是如何得到的？如果是简单的坐标平均，那么应当会有很多atom clash和unphysical residue sturcture，但是上面的结果看起来比较合理。
另外，Gromacs网站也有对平均结构的建议：
http://www.gromacs.org/Documenta ... y/Average_Structure
那么上面是如何得到的？我应该如何合理的得到一个构象系综内的平均描述呢？
希望赐教！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-27 02:47:00

应当就是简单的平均
由于已经归簇了，每个簇里构象相差不太大，所以直接取坐标的平均也不至于结构严重扭曲

slater · 发表于 Post on 2021-2-27 13:08:54

sobereva 发表于 2021-2-27 02:47
应当就是简单的平均
由于已经归簇了，每个簇里构象相差不太大，所以直接取坐标的平均也不至于结构严重扭曲

谢谢老师，那么这个构象的选取就是选取了最大的簇的一种平均，然后忽略了其他的簇了嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-27 19:48:24

slater 发表于 2021-2-27 13:08
谢谢老师，那么这个构象的选取就是选取了最大的簇的一种平均，然后忽略了其他的簇了嘛？

这是对每个簇都给出一个平均结构

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