求助：12核cpu和2块gpu运行6个副本应如何设置

zinc · 发表于 Post on 2021-3-1 12:42:33

求助，12核Intel(R) Core(TM) i9-10920X CPU @ 3.50GHz，两块GeForce RTX 2080 Ti，在gromacs上运行6个有8w个原子的副本，如何设置mdrun的参数能够最大化利用算力。

panernie · 发表于 Post on 2021-3-1 12:51:36

这个配置，没试过6个的，试过2个的副本。一天50多ns

biogon · 发表于 Post on 2021-3-1 13:36:18

一次跑两个，一个占用一个GPU感觉效率会不错

zinc · 发表于 Post on 2021-3-2 10:15:41

panernie 发表于 2021-3-1 12:51
这个配置，没试过6个的，试过2个的副本。一天50多ns

您好，请问您在运行的时候，gpu使用率如何呢，我这边gpu使用率一直不高，请问您有没有什么解决办法呢

panernie · 发表于 Post on 2021-3-2 15:53:51

zinc 发表于 2021-3-2 10:15
您好，请问您在运行的时候，gpu使用率如何呢，我这边gpu使用率一直不高，请问您有没有什么解决办法呢

这个取决于你的体系原子数，通常原子数在几十万至百万级别，GPU的效率才能看出来。如果原子数较低，GPU加速通常只有20-40%之间。

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-2 16:13:33

zinc 发表于 2021-3-2 10:15
您好，请问您在运行的时候，gpu使用率如何呢，我这边gpu使用率一直不高，请问您有没有什么解决办法呢

如果单任务的利用率只有30-40，那么同时在一个gpu运行两个任务，可以使利用率达到99。重点是在md时候加上-ntmpi，如命令如下

gmx mdrun xxxxxxxxxx -ntmpi 10

两个任务会有点影响，但我觉得影响不大。

wei · 发表于 Post on 2021-3-2 17:58:55

请问REMD基本上GPU才能跑得了吗？

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