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[Material Studio] MS中的氢键计算

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楼主
如何使用MS对氢键作用进行分析啊?我的体系是有机物和一块无机阴离子层板(含有金属),我使用的Forcite中drielding出现The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 34 particle,后改用university力场,发现  Hydrogen Bond 0.00,选用compass计算无氢键项?求大神帮助!

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发表于 Post on 2015-11-20 01:33:09 | 只看该作者 Only view this author
你想分析什么问题?

没有university力场,那叫universal。本来这力场也没有氢键项,绝大多数力场都是没有专门的氢键项,不会把氢键特别对待。
模拟结果正常就没问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-20 10:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-20 01:33
你想分析什么问题?

没有university力场,那叫universal。本来这力场也没有氢键项,绝大多数力场都是没 ...

我想研究的是周期性层板与有机物非键的相互作用,如果想单独研究氢键,怎么研究?

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发表于 Post on 2015-11-20 11:28:20 | 只看该作者 Only view this author
卒之爱 发表于 2015-11-20 10:58
我想研究的是周期性层板与有机物非键的相互作用,如果想单独研究氢键,怎么研究?


看你研究氢键什么问题,如果从结构上考察,按此文导出为xyz轨迹文件
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
然后在VMD里写Tcl脚本分析氢键(MS里也可以用perl脚本分析,但明显没VMD方便好用),网上也有很多现成的VMD分析脚本,诸如
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54
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发表于 Post on 2020-4-28 22:13:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-20 11:28
看你研究氢键什么问题,如果从结构上考察,按此文导出为xyz轨迹文件
将Material Studio的xtd轨迹文件 ...

sob老师,您好,我发现导出的xyz轨迹文件随着帧数增加,分子坐标会变得分散。采用vmd计算氢键时,越往后的帧数计算的氢键数目越少,是不是vmd没有考虑周期性呢?

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发表于 Post on 2020-4-29 02:30:36 | 只看该作者 Only view this author
youkagg 发表于 2020-4-28 22:13
sob老师,您好,我发现导出的xyz轨迹文件随着帧数增加,分子坐标会变得分散。采用vmd计算氢键时,越往后 ...

对周期性考虑有两个层面
轨迹层面:你得确保当前的轨迹在VMD看的时候就是满足周期性的,即越过盒子一侧后会跑到另一侧
氢键判断层面:VMD在判断氢键的时候是不考虑PBC的,即不会跨越盒子判断氢键的存在,在这点上VMD判断的氢键比实际的略少,但如果盒子足够大,这点差异影响不大
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