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[GROMACS] 求助:在使用pgb2gmx生成适配体的gro文件时,提示找不到N原子

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各位老师,我在使用Gromacs的pdb2gmx命令将一段从PDB库中下载的有18个碱基的单链DNA序列的pdb文件转化成gro文件时,提示的错误信息为:atom N not found in building block 1DT while combining tdb and rtp. DNA序列为TTGGGTGGGTGGGTGGGT
我继续下载了其他的DNA序列,都在这一步出现找不到N原子的错误提示。我现在刚开始学习Gromacs的使用,自己尝试了一些操作都没有解决这个问题,希望各位老师能够提供一下解决的思路或建议,谢谢


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提示的错误信息

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发表于 Post on 2021-3-19 19:05:59 | 只看该作者 Only view this author
说明PDB ID,并且说清楚怎么用的pdb2gmx,命令行是什么,选的什么力场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-24 09:46:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 19:05
说明PDB ID,并且说清楚怎么用的pdb2gmx,命令行是什么,选的什么力场

谢谢老师,由于20号到23号限制发帖,所以没能及时向您回复,非常抱歉。

我所用适配体的PDB ID是2LK7
使用pdb2gmx将pdb文件转化为gro文件的命令为:gmx pdb2gmx -f 2lk7.pdb -o 2lk7.gro -water tip3p -ff charmm27
选择的力场是CHARMM27全原子力场

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发表于 Post on 2021-3-25 06:56:54 | 只看该作者 Only view this author
芮啦 发表于 2021-3-24 09:46
谢谢老师,由于20号到23号限制发帖,所以没能及时向您回复,非常抱歉。

我所用适配体的PDB ID是2LK7


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 09:33:19 | 只看该作者 Only view this author

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