gromacs适合模拟不同碱金属离子对G4结构稳定的影响吗？

HZW

最近一直纠结于一个问题，利用Gromacs模拟不同碱金属离子（Li, Na, K , Rb, Cs）对G-quadruplex构象和稳定性的影响（离子参数：JC，力场：amber99SB的Parmbsc1），结果发现模拟结果和实验上的不符合，实验上稳定G4结构的顺序是 ，而模拟出来的结果出现了Cs离子比K离子更能稳定G4结构的情况。偶然看文献，看到Justin A. Lemkul的课题组2020年在JCTC上利用NAMD结合他们自己开发的力场进行Polarizable Molecular Dynamics Simulations（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00191?ref=pdf），模拟出了和实验上相符的结果，K+ >Na+ >Li+。所以我也想用NAMD模拟不同离子对G4结构稳定性的影响，但是老师叫我用Lammps模拟，但是很少甚至几乎没看见过文献用Lammps模拟核酸等生物分子体系。所以想问两个问题：

1、Gromacs可以模拟不同离子对DNA G-quadruplex稳定性的影响吗？
2、Lammps可以用于核酸，尤其是G-quadruplex的模拟吗？为什么？

sobereva

GROMACS可以。结果取决于力场和模拟设置
Lammps一般不用于生物分子，对这方面没有相应的考虑，虽然也不是不能用Lammps来跑，但比起专门适合生物分子模拟的程序来说只有劣势没有优点。如果你导师不是这方面的内行，也没法给出信服的理由，不要听他的，否则白浪费自己的时间

HZW

好的，谢谢卢老师，我要怎么说服我导师呢，lammps不适合生物分子模拟

HZW

那利用gromacs来模拟，离子参数用JC的还是LM的比较好，gromacs里边也不能用12-6-4式。对于不能跑出和实验上相符的结果我老师分析的是目前的分子力场是没有考虑极化作用的，极化作用很难计算的，所以极化作用的力场开发的很慢。但是极化作用在模拟离子对结构的影响中起着比较重要的作用。

sobereva

HZW 发表于 2021-3-25 23:10
好的，谢谢卢老师，我要怎么说服我导师呢，lammps不适合生物分子模拟

你去搜搜lammps和gromacs跑生物分子的文章数目就知道了

HZW

好的，谢谢卢老师支招儿。