计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 万卷书万里路
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 单晶结构可以通过优化得到吗?

[复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112511

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2015-11-24 13:04:16 | 只看该作者 Only view this author
女神的兔子 发表于 2015-11-24 10:46
老师您好,请问均相的有机反应晶体溶解在溶剂中它的晶体结构是不是改变了 溶解在溶剂中的分子构 ...

单晶结构和气相中的构型并不一样,晶体状态下会受到周围分子的束缚。对于柔性分子,以及分子间相互作用强的时候,晶体结构和气相下最低能量结构相差很大。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

90

帖子

0

威望

114

eV
积分
204

Level 3 能力者

17#
发表于 Post on 2015-11-24 14:43:57 | 只看该作者 Only view this author
stecue 发表于 2015-11-24 12:26
问题有点多哈,我也不是所有方面的专家,试着回答一下哈
  • 有机晶体溶解了,晶体结构就不存在了。可以 ...

  • 谢谢老师耐心解答!我们是做工业催化的 一种均相催化剂 金属配合物 反应底物只有一种 产物可以生成十多种 我们的目的是通过设计配体提高其中一种产物的选择性 实现工业化生产  老师您觉得这样的问题怎么解决好 研究方法目前集中在实验和分子计算(DFT)以及EPR、同步辐射对反应的实时观测 所以现在有大量不同配体和选择性的数据

    90

    帖子

    0

    威望

    114

    eV
    积分
    204

    Level 3 能力者

    18#
    发表于 Post on 2015-11-24 14:58:03 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2015-11-24 13:04
    单晶结构和气相中的构型并不一样,晶体状态下会受到周围分子的束缚。对于柔性分子,以及分子间相互作用强 ...

    懂了 sob老师 您的意思是基于计算的构型和实际单晶结构可能会差很多 所有的算都要有非常严谨的参考和依据 难怪会有真空下结构一说

    230

    帖子

    0

    威望

    919

    eV
    积分
    1149

    Level 4 (黑子)

    19#
    发表于 Post on 2015-11-24 22:53:01 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2015-11-24 13:00
    关于6,不是0K下的结构,0K下分子也在振动而没有确切结构。应当是不考虑核运动的结构,或者忽略核振动 ...

    然。反正是基于BO近似的PES的局部极小点。大概算是0K(振动基态)时最可几的几何构型吧。

    293

    帖子

    8

    威望

    1694

    eV
    积分
    2147

    Level 5 (御坂)

    20#
    发表于 Post on 2015-11-24 22:58:48 | 只看该作者 Only view this author
    可以 小分子更别说了
    有的连蛋白质的晶体都能优化出来 而且RMSD很小

    230

    帖子

    0

    威望

    919

    eV
    积分
    1149

    Level 4 (黑子)

    21#
    发表于 Post on 2015-11-24 23:03:17 | 只看该作者 Only view this author
    女神的兔子 发表于 2015-11-24 14:43
    谢谢老师耐心解答!我们是做工业催化的 一种均相催化剂 金属配合物 反应底物只有一种 产物可以 ...

    这个问题有点大,我没做过只能说多看看文献里怎么做的哈。选择性是动力学控制的,还是热力学控制的呢?动力学控制的话,如果做DFT的话,过渡态研究是必须的吧。首先看看DFT计算能不能把现有数据解释了,比如计算出来的各个底物的活化能是不是跟实验的动力学数据一致。如果一样的话从理论上分析为什么有这个顺序,然后再试着对结构加加减减,看看能不能预测一个选择性很好的结构——也就是所谓的"rational design"哈。最后把预测的结构合成一下再测一遍选择性,看看跟预测有没有差别。

    这个课题搞好了足可以发很牛的文章啊。

    90

    帖子

    0

    威望

    114

    eV
    积分
    204

    Level 3 能力者

    22#
    发表于 Post on 2015-11-24 23:21:01 | 只看该作者 Only view this author
    stecue 发表于 2015-11-24 23:03
    这个问题有点大,我没做过只能说多看看文献里怎么做的哈。选择性是动力学控制的,还是热力学控制的呢?动 ...

    不一样,老师 研究四十年了 好像遇到了瓶颈 DFT不能足够说明产物的产生 机理的设计好像有问题 老师 敢问您是群里哪位大神

    90

    帖子

    0

    威望

    114

    eV
    积分
    204

    Level 3 能力者

    23#
    发表于 Post on 2015-11-24 23:22:11 | 只看该作者 Only view this author
    女神的兔子 发表于 2015-11-24 23:21
    不一样,老师 研究四十年了 好像遇到了瓶颈 DFT不能足够说明产物的产生 机理的设计好像有问题  ...

    老师 我叫兔子 我家女神的兔子(薛定谔的兔子) 常聊常聊老师

    5万

    帖子

    99

    威望

    5万

    eV
    积分
    112511

    管理员

    公社社长

    24#
    发表于 Post on 2015-11-25 07:23:22 | 只看该作者 Only view this author
    stecue 发表于 2015-11-24 22:53
    然。反正是基于BO近似的PES的局部极小点。大概算是0K(振动基态)时最可几的几何构型吧。


    严格来说不是,只有当势能面都是谐振势的时候,振动平均结构(也是核波函数概率最大点)恰好是势能面最低点。但实际中,比如键伸缩项,势能面不是谐振势,振动平均结构会比势能面最低点对应的键长略长一些。

    评分 Rate

    参与人数
    Participants 1
    eV +3 收起 理由
    Reason
    卡开发发 + 3 我很赞同

    查看全部评分 View all ratings

    北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
    欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
    欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
    思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
    Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
    ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
    Money and papers are rubbish, get a real life!

    230

    帖子

    0

    威望

    919

    eV
    积分
    1149

    Level 4 (黑子)

    25#
    发表于 Post on 2015-11-25 12:06:09 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2015-11-25 07:23
    严格来说不是,只有当势能面都是谐振势的时候,振动平均结构(也是核波函数概率最大点)恰好是势能面最 ...

    所以只能说“大概”了哈。
    说起来这个非谐振势,在分子动力学里——至少常用的AMBER之类好像还没怎么见到用过。不知道弄个非谐振有没有搞头,说不定可以适当描述某些键的断裂和生成?Anyway,现在的MD的主要误差项也不在这里,非平衡态MD好像也不怎么主流……

    230

    帖子

    0

    威望

    919

    eV
    积分
    1149

    Level 4 (黑子)

    26#
    发表于 Post on 2015-11-25 12:15:57 | 只看该作者 Only view this author
    女神的兔子 发表于 2015-11-24 23:21
    不一样,老师 研究四十年了 好像遇到了瓶颈 DFT不能足够说明产物的产生 机理的设计好像有问题  ...

    啊,我只是兼做计算化学的苦逼薄厚,哪里是大神……真神sob在此,不可妄称不可妄称。
    我在海外没有QQ,问题在帖子里写不下也可以发私信或者email哈。email地址就是我的ID再加@gmail.com哈。

    5万

    帖子

    99

    威望

    5万

    eV
    积分
    112511

    管理员

    公社社长

    27#
    发表于 Post on 2015-11-25 15:00:52 | 只看该作者 Only view this author
    stecue 发表于 2015-11-25 12:06
    所以只能说“大概”了哈。
    说起来这个非谐振势,在分子动力学里——至少常用的AMBER之类好像还没怎么见 ...


    非反应力场下做分子动力学温度一般都不是很高,这个温度下键长伸缩程度很有限,离势能面极小点不远,这部分区域谐振势能较好描述。另外键的伸缩不是动力学上感兴趣的问题,所以很多情况干脆冻结在平衡距离下。不过有些力场以精确为目的,力图给出准确的分子几何结构,这类力场往往用Morse势,对键伸缩势能面描述不错,可以表现出非谐振特征。
    北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
    欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
    欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
    思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
    Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
    ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
    Money and papers are rubbish, get a real life!

    90

    帖子

    0

    威望

    114

    eV
    积分
    204

    Level 3 能力者

    28#
    发表于 Post on 2015-11-25 16:36:35 | 只看该作者 Only view this author
    stecue 发表于 2015-11-25 12:15
    啊,我只是兼做计算化学的苦逼薄厚,哪里是大神……真神sob在此,不可妄称不可妄称。
    我在海外没有QQ, ...

    sob老师和您都是神级的

    230

    帖子

    0

    威望

    919

    eV
    积分
    1149

    Level 4 (黑子)

    29#
    发表于 Post on 2015-11-25 21:17:30 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2015-11-25 15:00
    非反应力场下做分子动力学温度一般都不是很高,这个温度下键长伸缩程度很有限,离势能面极小点不远,这 ...

    然。我们以前搞金属的时候用过Morse等非谐振势。但是各种有机分子、有方向性的共价键似乎就很少见了…

    本版积分规则 Credits rule

    手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

    GMT+8, 2024-11-27 15:33 , Processed in 0.275444 second(s), 23 queries , Gzip On.

    快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list