chimera X 分析动力学轨迹里的氢键时卡死，是否为正常现象

a9471163 · 发表于 Post on 2021-3-29 09:26:12

各位老师好，我用gromacs跑的xtc格式的轨迹，帧数1.5万，成功载入chimera X后，能瞬间载入，流畅播放，因此我觉得chimera X处理这么大一个轨迹，应该不成问题，然而在进行氢键显示的时候，点apply就会卡死。如果只载入1个PDB文件，分析氢键时就不会卡死。

请问这种情况下还有没有办法用chimera X分析氢键呢？如何解决卡死的问题，是我的笔记本电脑配置不行，还是chimera X没法给这么大的轨迹加氢键呢？

a9471163 · 发表于 Post on 2021-3-29 09:29:33

我有超算，请问是否应该在超算里给这个轨迹加氢键，而不再使用笔记本电脑

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-29 11:50:26

没有轨迹加氢键一说
加载不同长度的轨迹，看点apply都花多少时间。氢键分析我一律用VMD，ChimeraX不清楚

a9471163 · 发表于 Post on 2021-3-30 10:03:14

sobereva 发表于 2021-3-29 11:50
没有轨迹加氢键一说
加载不同长度的轨迹，看点apply都花多少时间。氢键分析我一律用VMD，ChimeraX不清楚

非常感谢社长

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[综合交流] chimera X 分析动力学轨迹里的氢键时卡死，是否为正常现象