求助！拟合二面角参数时MM势能面差距太大

HONEYJ · 发表于 Post on 2021-3-30 09:34:36

本人参照sob老师的帖子http://sobereva.com/5，尝试拟合二面角参数。图1是我需要拟合的二面角，用高斯做柔性扫描后，保留每一步结构做MM势能面扫描时出现了陡增的情况，查看各项势能变化时主要是键长所引起的。图二是QM扫描曲线，图三是MM扫描是各项势能变化，猜测是不是因为刚性结构，改变二面角时对结构变化造成了大的影响？之前在群里问过sob老师，sob老师说简单刚性结构可以用seminario计算，但是计算出来的单位是Kcal/(mol*Rad^2)（图四）,不知道怎么转换为type9和type4两种函数的k值（单位是kj/mol）?还有就是对于刚性结构，是否可以用N来代替B获得二面角参数。他们的骨架结构存在相似性，这样做是否合理。还请公社各位大大能够答疑解惑。

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破晓时的曙光 · 发表于 Post on 2021-3-30 19:10:10

为啥要拟合这个二面角啊，这几个原子看起来在一个平面呀，而且不会扭曲啊

HONEYJ · 发表于 Post on 2021-3-30 19:14:47

破晓时的曙光发表于 2021-3-30 19:10
为啥要拟合这个二面角啊，这几个原子看起来在一个平面呀，而且不会扭曲啊

因为这个B原子的力场参数没有，有看见大家用拟合的二面角参数，就是不太清楚如何得到这个B原子的力场参数，还请指教一二。

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