AMD EPYC 7742服务器运行Gaussian 09效率问题求助！

hgp2006 · 发表于 Post on 2021-3-31 16:52:16

k64_cc 发表于 2021-3-31 16:00
我们组有EPYC 7702，之前测的时候觉得应该真就是内存带宽没分配好。
你们也有128核的intel server可以测试 ...

内存带宽问题是怎么解决的呢？

biogon · 发表于 Post on 2021-3-31 20:35:13

k64_cc 发表于 2021-3-31 16:00
我们组有EPYC 7702，之前测的时候觉得应该真就是内存带宽没分配好。
你们也有128核的intel server可以测试 ...

四路机器效率也不行

qinzhong605 · 发表于 Post on 2021-3-31 22:26:32

为啥不换成G16呢，有G09版权不影响用G16呀

hgp2006 · 发表于 Post on 2021-3-31 22:40:08

qinzhong605 发表于 2021-3-31 22:26
为啥不换成G16呢，有G09版权不影响用G16呀

已经安装Gaussian16试过了，还是相同问题！

hgp2006 · 发表于 Post on 2021-3-31 22:44:39

biogon 发表于 2021-3-31 11:05
甭在这么新的cpu用g09，效率相当堪忧，而且g09在用了12核以后并行效率急剧降低，根本没必要给那么多核心

您好！麻烦问一下intel和amd处理器是不是使用的Gaussian 09的版本应该是不一样的？我现在使用的都是ES64L-G09RevE.01版本。

biogon · 发表于 Post on 2021-4-1 09:06:13

hgp2006 发表于 2021-3-31 22:44
您好！麻烦问一下intel和amd处理器是不是使用的Gaussian 09的版本应该是不一样的？我现在使用的都是ES64L ...

没有，那么老的软件怎么可能有为epyc优化的版本

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2021-4-1 09:14:24

操作系统，各个软件版本，BIOS设置，NUMA设置

你啥都没说……

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2021-4-1 13:05:18

hgp2006 发表于 2021-3-31 14:13
是的，如果只提交2个任务是正常的，但是128核的服务器不可能只同时算2个任务，一个任务32核已经足够了， ...

两个任务就正常，那应该就是前面4楼和7楼说的原因，经常切换CPU导致的，所以7楼说的想办法把一个任务固定在一个CPU上，我觉得要是可以实现应该就能解决你的问题

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2021-4-1 17:04:06

beowulf 发表于 2021-3-31 13:01
想办法把任务钉扎在固定的cpu核心上。

这里再测试用户最多的分子动力学程序GROMACS的情况。版本是2016.3，体系是三万六千原子的蛋白质+水体系，跑100ps动力学。GROMACS的mdrun可以通过-pin on来强制要求CPU核心与mdrun线程绑定，类似于%CPU。下面来看测试结果
开HT，用72核：       87.053 ns/day 99.252s
开HT，用36核：       77.363 ns/day 111.684s
开HT，用36核，-pin on：81.582 ns/day 105.908s
关HT，用36核：       83.199 ns/day 103.85s
关HT，用36核，-pin on：83.164 ns/day 103.893s
转自正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/392

beowulf · 发表于 Post on 2021-4-1 21:40:03

本帖最后由 beowulf 于 2021-4-1 21:41 编辑

hgp2006 发表于 2021-3-31 22:40
已经安装Gaussian16试过了，还是相同问题！

这货是openmp并行的吧，拿likwid 钉死试试看。likwid是个小工具，自行编译一下就好安装了。
likwid = likely I know what I am doing

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-6 22:20:21

beowulf 发表于 2021-4-1 21:40
这货是openmp并行的吧，拿likwid 钉死试试看。likwid是个小工具，自行编译一下就好安装了。
likwid = li ...

高斯输入文件本身就可以用%cpu编号钉死

abin · 发表于 Post on 2021-4-28 09:33:09

单机上简单搞一个slurm，直接通过cgroup绑定CPU编号。
然后就踏实了。

openPBS也是支持的。

biogon · 发表于 Post on 2021-4-28 17:29:09

喵星大佬发表于 2021-4-6 22:20
高斯输入文件本身就可以用%cpu编号钉死

但是G09不支持

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[综合交流] AMD EPYC 7742服务器运行Gaussian 09效率问题求助！