蛋白中短距离氢键的MD模拟问题

wpy2270

各位老师好，我最近在用GROMACS的charmm力场模拟蛋白酶，其晶体结构中有催化三联体（Ser-Glup-Aspp）的两个短距离氢键（D-A距离在2.5埃到2.7埃之间），我在用晶体结构模拟后，基本就在NPT限制模拟中这两个氢键就跑开，怀疑是静电能小于排斥能导致的氢键没有形成。 请问各位老师，这里应该如何处理才能使该短距离氢键顺利保持（反应条件是ph3-4.5之间）。

sobereva

晶体状态有，不代表实际溶液中就有，更何况X光衍射一般也没法给出氢的位置，X光衍射给出的重原子坐标也可能不精确
如果真的觉得就是有很短的氢键，建议抠出个簇模型拿合适的量子化学计算级别做个优化，如果也和实验结构不符，那应该是实验结构就是有问题。

wpy2270

sobereva 发表于 2021-4-3 16:25
晶体状态有，不代表实际溶液中就有，更何况X光衍射一般也没法给出氢的位置，X光衍射给出的重原子坐标也可能 ...

老师您好，由于我说的这个三联体的氢键是具有催化作用的，若该氢键不形成那酶就不存在催化能力，并且这个短氢键是经过同族酶（S53家族）的多个晶体结构验证了，并且现在由于多种原因量子化学计算有困难，所以想请问若该短距离氢键确实存在的话，在GROMACS中应该如何模拟

hdhxx123

wpy2270 发表于 2021-4-6 12:54
老师您好，由于我说的这个三联体的氢键是具有催化作用的，若该氢键不形成那酶就不存在催化能力，并且这个 ...

扣出个簇模型用xtb，300-500个原子4核机子都能跑，不至于有多大的问题吧，你挑一个合适的结构跑一下就算验证一下也挺好的（注意：晶体结构在凝聚相下并不一定能稳定）在论坛里搜xtb有windows版，不会用linux都没大问题。
linux版的看Sob老师博文：
将 Gaussian 与 Grimme 的 xtb 程序联用搜索过渡态、产生 IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

sobereva

wpy2270 发表于 2021-4-6 12:54
老师您好，由于我说的这个三联体的氢键是具有催化作用的，若该氢键不形成那酶就不存在催化能力，并且这个 ...

特殊氢键不是GROMOS这种普适性力场结合通常用的原子电荷适合描述的情况，必要的时候自行加上限制势来维持

wpy2270

sobereva 发表于 2021-4-6 20:52
特殊氢键不是GROMOS这种普适性力场结合通常用的原子电荷适合描述的情况，必要的时候自行加上限制势来维持

好的，谢谢sob老师的帮助。我就多测试几遍加个合适的限制势了。