gromacs可以模拟的最大原子数是多少

Shinnakisara · 发表于 Post on 2021-4-4 12:16:50

查询手册发现GROMACS产生的gro文件原子数那一栏最大可以有五位数，也即不能超过100000。那对于超过100000（包含水、蛋白质）的体系，GROMACS中可以解决这个问题吗。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-4-4 12:18:45

本帖最后由 lyj714 于 2021-4-4 12:23 编辑

想多了，大于等于100000就会重新编号，gmx模拟上限原子数理论上无限，只要你的计算能力足够强，一般达到百万级的可能用粗粒化的居多。

Shinnakisara · 发表于 Post on 2021-4-4 12:24:58

lyj714 发表于 2021-4-4 12:18
想多了，大于等于100000就会重新编号，gmx模拟上限原子数理论上无限，只要你的计算能力足够强。

我是自己在手动修改gro文件，有没有大于100000时的编号法则（查看手册对gro文件的说明好像没有详细的解释）。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-4-4 12:25:56

Shinnakisara 发表于 2021-4-4 12:24
我是自己在手动修改gro文件，有没有大于100000时的编号法则（查看手册对gro文件的说明好像没有详细的解释 ...

如果编程，用N%100000即可

Shinnakisara · 发表于 Post on 2021-4-4 12:28:19

lyj714 发表于 2021-4-4 12:25
如果编程，用N%100000即可

直接取余，谢谢你啦。

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