第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！

sobereva

喵星大佬 发表于 2021-9-6 00:35
讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383， ...

笔误已改

喵星大佬

sobereva 发表于 2021-9-6 01:07
笔误已改

CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式应该是从那个94年的JACS和JCC开始的

sobereva

喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:15
CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式 ...

年份已改

PNAS这篇已经给出了CFF的力场函数形式了，从历史的角度也可以作为CFF的原文，一些地方比如http://www.sklogwiki.org/SklogWiki/index.php/CFF91_force_field里也是引的PNAS这篇。

J. Am. Chem. SOC. 1994,116, 2918-2981那个一般视为是CFF93的原文。

喵星大佬

sobereva 发表于 2021-9-15 03:23
年份已改
PNAS这篇给出了CFF名义上的第一篇Derivation of class II force fields. I. Methodology and q ...

这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相关内容，但是就生物分子模拟来说对接其实是产生初始结构的主要方法之一，不管是蛋白-小分子还是蛋白-蛋白(核酸)的复合物(这块应该也是MD的最主要应用)，是不是可以考虑添加部分相关内容呢
虽说这玩意其实比较简单，比MD简单得多，但其实细节也有不少，再就是Autodock Vina的新版本发布了，看文章似乎还不错，感觉可以补充一点？

sobereva

喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:38
这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相 ...

分子对接是单独的课程，由于内容不够一个workshop的，所以预计以付费视频方式提供。去年这部分的幻灯片做了一半，后来忙别的事就搁置了，等有空时候再弄完。autodock vina新版本我最近也看JCIM上的文章注意到了。