求助Gmx截断Vdw的三个问题，多谢提点~

bobosiji

1、cutoff-scheme: Verlet手册解释是“Currently only cut-off, reaction-field, PME electrostatics and plainLJ are supported.”plain LJ意思是不是“vdw-modifier=none”？如果这样的话，其他vdw-modifier选项（比如potential shift啥的）就被overrided了么？

2、vdw-modifier=none的手册解释是“With the group scheme this means no exact cut-off is used, energiesand forces are calculated for all pairs in the neighborlist.”，这个意思是rlist内的LJ正常计算（之外的不计算），相当于把rvdw扩大到了rlist？

3、另外vdwtype=cutoff&vdw-modifier=none是否意味着rlist或rvdw处LJ不连续（从一定大小突变为0），于是受力无穷大，模拟会崩溃？我们试过这个模拟选项，模拟了几十ns，一切正常，结果也正常。不知道是运气好呢，还是“vdwtype=cutoff&vdw-modifier=none”只是理论上模拟会崩溃，实际上不会？多谢提点~

多谢提点~

sobereva

1 plain应当是相对于PME方式算LJ作用而言的

2 这是指如果通过charge group方式来构建邻居列表，只要两个charge group之间有任何一对原子小于距离阈值，则这一对charge group间所有原子间LJ作用都会计算，相当于没有严格意义的LJ cutoff距离

3 不会受力无穷大，只不过在rvdw处受力变化不连续。如果rvdw不是很小，不至于造成动力学明显不稳定。

bobosiji

sobereva 发表于 2021-5-1 23:33
1 plain应当是相对于PME方式算LJ作用而言的

2 这是指如果通过charge group方式来构建邻居列表，只要两个 ...

多谢sob老师提点~不好意思再问个新问题
原始问题：“cutoff-scheme: Verlet手册解释是“Currently only cut-off, reaction-field, PME electrostatics and plainLJ are supported.”plain LJ意思是不是“vdw-modifier=none”？
“社长： plain应当是相对于PME方式算LJ作用而言的”
新问题：社长的意思，cutoff-scheme = Verlet不支持PME算LJ么？我们试过了，也检查了log文件里的mdp设置，cutoff-scheme = Verlet时用PME算LJ（vdw-type = PME）没问题，而且结果比cut-off算LJ更好。。。用的gmx版本是5.1.5

sobereva

bobosiji 发表于 2021-5-6 10:45
多谢sob老师提点~不好意思再问个新问题
原始问题：“cutoff-scheme: Verlet手册解释是“Currently onl ...

完全没必要PME方式算LJ
LJ作用比静电作用衰减快多了，1.0 nm的截断半径以cutoff方式计算再加上色散的能量压力校正就足够合理，用PME会多花很多时间，也不会带来什么额外益处。如果需要LJ计算更准确些，可以把LJ设1.4，误差就完全可以忽略了。

bobosiji

sobereva 发表于 2021-5-7 03:03
完全没必要PME方式算LJ
LJ作用比静电作用衰减快多了，1.0 nm的截断半径以cutoff方式计算再加上色散的能 ...

"1.0 nm的截断半径以cutoff方式": 这个说的是gmx默认的potential-shift么（不是potential-switch啥的）？我们用1.2cut-off，PME算LJ确实只有个别模拟量比cutoff略好一点

sobereva

bobosiji 发表于 2021-5-7 09:14
"1.0 nm的截断半径以cutoff方式": 这个说的是gmx默认的potential-shift么（不是potential-switch啥的）？ ...

是