公社群聊Q&A整理：2015.11.26 15 ~ 2015.11.28 14

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-3 01:02:14

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2015.11.26 15:01:04
Q:
计算出错，求指导
输入文件如下：
%mem=8GB
%chk=ethylacetate.chk
%nproc=8
#p td=(singlets,nstates=25,root=1) b3lyp/6-31g scf=xqc 5D SCRF(Solvent=Generic,PCM,Read)
Acetaldehyde ground state
0 1
分子结构信息
solventname=ethylacetate
eps=6.02
log文件中显示：
There are 346 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 346 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
346 basis functions, 812 primitive gaussians, 346 cartesian basis functions
出错信息如下：
Largest core mixing into a valence orbital is 2.61D-05
Range of M.O.s used for correlation: 31 346
NBasis= 346 NAE= 111 NBE= 111 NFC= 30 NFV= 0
NROrb= 316 NOA=
81 NOB= 81 NVA= 235 NVB= 235
Leave Link 801 at Wed Nov 25 16:33:14 2015, MaxMem= 1073741824 cpu: 5.0
(Enter /握手/apps/g09/l914.exe)
RHF ground state
MDV= 1073741824 DFT=T DoStab=F Mixed=T DoRPA=T DoScal=F NonHer=T
Would need an additional 4776200000 words for in-memory AO integral storage.
NEqPCM: Using non-equilibrium solvation (IEInf=1, Eps= 6.0200, EpsInf= 0.0000)
EpsInf not defined for this solvent.
Error termination via Lnk1e in /握手/apps/g09/l914.exe at Wed Nov 25 16:33:15 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 15 minutes 24.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 900 Int= 0 D2E=
0 Chk= 8 Scr= 8
溶剂为ethylacetate，这个溶剂G09中似乎没有，所以采用了设置eps的方法，设为eps=6.02。求计算失败是什么原因
输入文件如下：
%mem=8GB
%chk=ethylacetate.chk
%nproc=8
#p td=(singlets,nstates=25,root=1) b3lyp/6-31g scf=xqc 5D SCRF(Solvent=Generic,PCM,Read)
Acetaldehyde ground state
0 1
分子结构信息
solventname=ethylacetate
eps=6.02
log文件中显示：
There are 346 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 346 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
346 basis functions, 812 primitive gaussians, 346 cartesian basis functions
出错信息如下：
Largest core mixing into a valence orbital is 2.61D-05
Range of M.O.s used for correlation: 31 346
NBasis= 346 NAE= 111 NBE= 111 NFC= 30 NFV= 0
NROrb= 316 NOA= 81 NOB= 81 NVA= 235 NVB= 235
Leave Link 801 at Wed Nov 25 16:33:14 2015, MaxMem= 1073741824 cpu: 5.0
(Enter [表情]/apps/g09/l914.exe)
RHF ground state
MDV= 1073741824 DFT=T DoStab=F Mixed=T DoRPA=T DoScal=F NonHer=T
Would need an additional 4776200000 words for in-memory AO integral storage.
NEqPCM: Using non-equilibrium solvation (IEInf=1, Eps= 6.0200, EpsInf= 0.0000)
EpsInf not defined for this solvent.
Error termination via Lnk1e in [表情]/apps/g09/l914.exe at Wed Nov 25 16:33:15 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 15 minutes 24.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 900 Int= 0 D2E= 0 Chk= 8 Scr= 8
溶剂为ethylacetate，这个溶剂G09中似乎没有，所以采用了设置eps的方法，设为eps=6.02。求计算失败是什么原因
A:
你得定义epsinf
字号小点
Q:
Sob老师，求如何定义
A:
和eps一样
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:02:53
Q:
老师，看XZ平面，为什么不显示氢原子呢
A:
离作图平面太远
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:08:59
Q:
Sobereva老师请问Multiwfn可以绘制电离过程的振动分辨光谱吗？
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:11:06
Q:
老师，我想求12,13,3,8这几个原子组成的扭曲平面的中心坐标，用Multiwfn，但是得到的质心怎么在这个位置呢？求老师指导[图片]
A:
估计没输对
Q:
[图片]
输入了好几遍了[表情]
A:
文件传上来
Q:
之前我用过这种方法，都没有问题，今天用就怎么做都不对
fchk么
A:
y
pdb也可以
没问题啊
[图片]
Q:
老师，在这步的时候，选择的是 Center of mass (X/Y/Z)对么？
A:
对啊
估计是你添加原子时候坐标搞错了
Q:
[图片]
A:
反正我这里没问题
坐标和原子位置都在图上体现了
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:21:24
Q:
前面那个脚本执行效率特别低
而且似乎越算越慢了
[图片]
第二个算完间隔6分钟，第三个间隔了42分钟
有什么命令可以清理vmd缓存之类吗？
A:
你再检查下原子序号吧，没准弄乱了
atomselect反复选择大量原子后记得清一清
$sel delete这样
比如
显示蛋白质中的氢键数目随时间变化
for {set i 0} {$i<=100} {incr i 1} {
set dd [atomselect top protein frame $i]
puts "$i [llength [lindex [measure hbonds 3.0 35 $dd] 0]]"
$dd delete
}
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:32:03
Q:
老师，Multiwfn又更新了吗
A:
总是不断更新的，看主页上的更新日期就知道了
----------------------------------------------------
2015.11.26 15:33:25
Q:
了解
vmd里是只能删除特定的sel吗？
有没有直接全清理的？
A:
貌似没有全部清理的
----------------------------------------------------
2015.11.26 16:04:49
Q:
[图片]各位大神，你们的服务器都把tinker的maxatm定义成了多少啊@Sobereva
A:
看实际需要
设小了跑不了大体系，设大了费内存
Q:
我的蛋白1.5w个原子。
需要什么样的服务器呢
A:
没特殊必要的话别用tinker跑蛋白，又麻烦又慢
Q:
我们现在是一个节点有16个CPU 128G内存
这个配置能跑动吗老师
A:
能
优先考虑gromacs
----------------------------------------------------
2015.11.26 16:22:28
Q:
请问，用multiwfn考察激发态和基态之间密度的变化，必须用wfn文件吗？用fchk文件可以吗？如果没有输出wfn文件，是不是要重新算一下？
A:
fch也可以，但你得把激发态自然轨道存到chk里，见手册第四章开头
用.wfn省事得多
Q:
把激发态自然轨道存到chk里，是不是指优化激发态结构的时候，应该用density=current
A:
看手册
没那么省事
----------------------------------------------------
2015.11.26 16:32:05
Q:
向大家请教一个问题，同一个压缩包，在LINUX版本1系统下解压，解压文件到LINUX版本2下运行，是不是可能出现代码不识别，或者乱码问题呢？
A:
不会
----------------------------------------------------
2015.11.26 16:37:55
Q:
Sobereva老师，要是在LINUX 32位下解压的到64位上运行会出现这种问题吗
A:
在哪解压解压出来的文件都一样
----------------------------------------------------
2015.11.26 19:02:22
Q:
请问def2系列基组配套的重元素的赝势的名称是什么？
A:
stuttgart
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:27:34
Q:
请问一个问题，我是第一次算两个分子的BSSE，是不是要分片？
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:38:19
Q:
计算算一个较大体系（100原子 C H O N S）的弱相互作用的单点能，在ORCA里用 M06-2X D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J GRID4 tightscf。
问题:
1 使用M06-2X这样已经对于弱相互作用比较好的泛函还需要再用D3么（有的文献加了，有的文献没加）？
2 Def2-QZVP对于这样的单点计算哪怕是已经读取了小基组的波函数作为初猜还是不能很难收敛，采用def2-TZVP这样的方法精度上是否足够了呢？
谢谢大家。
抱歉打错了，应该是很难收敛。能量一直在波动。
[图片]
A:
加不加都可以，对于pi-pi则应当加
考虑了gcp就够了
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:40:45
Q:
sob老师，AIM盆和ELF盆有什么区别呢
A:
函数不一样，对应的零通量面自然不一样，盆也不一样
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
Q:
我看了这个了，但是不知道如何根据体系选择分析哪一个
A:
看群共享 ELF综述和重要文献小合集了解ELF基础知识
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:42:51
Q:
我问个问题，之前判断一个C原子的手性，根据书上的判断规则，而实际问题中，我看到3D的小分子需要判断手性我想是不是更简单一些，根据已有的坐标数据之间分析出来呢？
A:
有了基础知识自然就知道怎么分析
gview直接就能判断手性
Q:
[图片]
老师gview的那个命令？
A:
view-stereochemistry
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:53:43
Q:
还有个问题，对接或者MD过程中，会出现某个C手性改变吗？
A:
不会改变
----------------------------------------------------
2015.11.26 22:31:47
Q:
各位各位，我在编译的时候出现[图片]这种路径，应该是怎么去处理呢？
A:
../就是上一级
振子强度无量纲
----------------------------------------------------
2015.11.26 22:35:12
Q:
恩，谢谢老师，那旋光强度的单位呢
A:
cgs
----------------------------------------------------
2015.11.26 22:43:47
Q:
老师，有没有介绍高斯计算得到的所有相关数据的单位情况的博文？谢谢老师[图片]
A:
单位通常在输出文件中就标着
Q:
[图片]像阵子强度这种没有标的就是无量纲的吗？[表情]
[图片]像阵子强度这种没有标的就是无量纲的吗？/微笑
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.26 22:48:59
Q:
请问，b3lyp/6-31g(d,p)的频率矫正因子是多少？，谁有相关的文献吗？下载了很久也没有找到。
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
----------------------------------------------------
2015.11.26 20:03:50
Q:
sob老师，为什么NBO和ADNDP分析和基组几乎没有关系的？
A:
基组达到6-31G*后再提升就对基组不敏感了
对这种分析6-31G*已经接近饱和了
Q:
嗯，那它的密度矩阵也是基于基函数的分析吗
A:
密度矩阵以NAO为基做的分析
Q:
sob老师，那这里的ψ是不考虑自旋的波函数[图片]那它和什么有关呢？
A:
粒子坐标啊
Q:
然后得到密度算符，作用在轨道上，得到密度矩阵吗？[图片]/疑问
A:
gamma是连续坐标的密度矩阵，图中是将它变换到离散坐标（基函数序号）的形式
Q:
sob老师，那这样变换得到的密度矩阵是可以进行ADNDP分析吗，ADNDP是半定域。？
A:
是
Q:
谢谢sob老师
sob老师，ADNDP分析是的NBO分析的基础上通过这个[图片]把定域形式转换成离域形式，而不是在NBO基础上的继续穷极寻找对吗？
A:
理解不对
AdNDP和NBO都是基于单电子密度矩阵来按照一定规则搜索出轨道。NBO只考虑1~3中心的，AdNDP则把1~N中心的全部纳入考虑（N是体系原子数）
Q:
那NBO为什么是定域的，而ADNDP是半定域
A:
因为NBO最多只搜索3各中心，中心数这么少，当然算定域了
Q:
难道和中心电子数有关
A:
NBO-----AdNDP-----MO
Q:
[图片]所以NBO也有转换成离域坐标的形式，但是由于中心数少，离域性不体现吗？老师/糗大了
[图片]所以NBO也有转换成离域坐标的形式，但是由于中心数少，离域性不体现吗？老师[表情]
A:
什么什么离域坐标，根本没这东西
基本概念不清
Q:
gamma是连续坐标的密度矩阵，图中是将它变换到离散坐标（基函数序号）的形式[图片]我不太懂这句话，老师
A:
[图片]
反过来看就明白了
少了个撇，应该是
[图片]
Pij就是ρ(r;r')在χi(r)χj(r')上的投影
波函数|i>投影到基函数χ上的分量就是<χ|i>，和这个一个意思，只不过密度矩阵的变量是两个，而不是一个
----------------------------------------------------
2015.11.26 21:04:35
Q:
[图片]计算NBO出现这样子的错误，为何
A:
用给那个元素带d基函数的基组
这是3.1的bug
----------------------------------------------------
2015.11.26 21:07:19
Q:
我用Multiwfn分析碎片对分子轨道的贡献，总是提醒这样的错误，[图片]，这是怎么回事？求大神指教
A:
计算片段和计算复合物时用的基组不匹配
Q:
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 21:08:09
"广义化的电荷分解分析(GCDA)方法.pdf" 下载
A:
注意刚传群共享里文章第四节第三条
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2015.11.26 21:59:03
Q:
[图片] 老师这是什么情况啊？
A:
检查输出文件末尾是否提示已经导出wfn文件了，检查路径
Q:
[图片]这是输入文件
我在寻找调控参数omega
A:
不是范围分离泛函，没法这么用
Q:
哦对哦没改。。。
谢谢老师我没改泛函
A:
调那东西没什么意思
----------------------------------------------------
2015.11.26 22:59:09
Q:
请问，MESP用如何Gaussian计算。[图片]
就像文献中这样的能定量描述的我用chk文件看到totaldensity 只有红蓝两个头的数值
A:
这是静电势的等值面，数值是你自己设的
不要作成静电势投影的电子密度等值面图
Q:
谢谢 SOB老师请问 Vmin该怎么计算呢
A:
具体指什么？
Q:
the global minumun or the negative valued in the MESP topography calculation
文献中是这么说的
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
用cubegen产生静电势格点数据，载入Multiwfn，按博文里做法，得到静电势吸引子的数值
Woo 简单来说，启动multiwfn，输入
ESP.cub //cubegen或multiwfn产生的静电势格点数据
17
1
2
Attractor X,Y,Z coordinate (Angstrom) Value
1 -0.01264310 -0.77159599 -0.48987525 23.16960000
2 -0.01264310 0.01900911 0.12503982 158.38400000
3 -0.01264310 0.72176919 -0.48987525 11.82250000
4 -0.80324820 0.01900911 1.00348993 -0.09223360
5 0.77796199 0.01900911 1.00348993 -0.09211110
其中4、5就对应的静电势极小点的位置和数值（a.u.）。1、2、3对应的是极大点位置和数值
[图片]
数据是屏幕上直接输出的，图是之后在选项0中看的
Q:
那么极小值和原子之间的距离可以判断么
A:
你想求就能求
----------------------------------------------------
2015.11.26 23:15:54
Q:
请教sob老师我们用程序算出的Mulliken或者NBO电荷的单位和单个电子的-1 是可以相提并论的吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.11.27 10:07:18
Q:
[图片]求问各位做过NBO分析的大师，其他的都没有这个提示，唯独这个有，这是什么意思
A:
用stable关键词检测是否收敛到了基态
如果是的话，不用管它，是常见的情况
Q:
不好意思，老师能否细说一下，[图片]这个什么意思啊？@Sobereva
高斯加这个关键词，重新优化，对吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.11.27 10:59:18
Q:
请问VMD里面怎么能在两个原子之间加键，请教各位高手
A:
mouse-add/remove bonds
----------------------------------------------------
2015.11.27 11:20:51
Q:
各位老师，高斯09手册里有一句话，TS-- 请求用Berny 算法优化过渡态而不是局域最小点。不是局域最小点，那是什么嘞？
是用来算过渡态的，找过渡态的过程不就是找那个局域最小点么
A:
一阶鞍点
Q:
哦哦，那结构的优化(不是找过渡态）就是局域最小点，是这样么？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.27 11:23:30
Q:
反应路径上的极大点其它方向上的极小点我说得对吗/发呆@sob老师
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.27 21:56:28
Q:
[图片]
请问通过multiwfn做的激发态和基态密度差的图，用VMD图像做出的是这样子。不太容易看出电子是怎么跃迁的啊！
A:
8成是激发态和基态几何坐标不一样
----------------------------------------------------
2015.11.27 22:09:10
Q:
sob老师,怎么判断NDADP的轨道来自从原子的哪个轨道呢
A:
没听说过NDADP
不要拼错
Q:
sob老师,怎么判断ADNDP的轨道来自从原子的哪个轨道呢
A:
adndp分析后导出.molden文件，然后重启multiwfn，载入之，照常做轨道成分分析
----------------------------------------------------
2015.11.27 22:20:53
Q:
谢谢老师，算激发态和基态密度差的时候，我提交的是做完激发态优化后的wfn文件减去优化过的基态的wfn文件。这样做应该没有什么问题吧？
A:
当然有问题，坐标都不对应
----------------------------------------------------
2015.11.27 22:23:19
Q:
sob老师，选出的ADNDP轨道默认排在轨道的前面，如果进行轨道成分分析，轨道的次序和ADNDP分析的轨道编号一致吗？
A:
用主功能0一看轨道等值面图就知道了
----------------------------------------------------
2015.11.27 22:57:53
Q:
谢谢老师，是不是不优化，就TD算一下激发态，得到的wfn文件，减去基态的wfn文件，就可以了。
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.27 23:07:28
Q:
老师，最近我的计算里总是出现 FormBX had a problem，我查了一下说是在笛卡尔坐标系啊出现了180度键角，我查看结构确实最优一步有180度的键角。这种情况该怎么解决呢？当然我的结构可能会有很大问题，是导致这个错误的。除此之外的呢？谢谢老师啦
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2015.11.27 23:10:15
Q:
您的意思是加入这个关键词？这个关键词是说在笛卡尔坐标系下优化是吧，g09默认的是用冗余内坐标下的berny方法计算过渡态的，我的理解对么？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.28 00:23:21
Q:
给卢老师发了份邮件，希望可以得到回复。
群里有用高斯算过过渡态吗
A:
邮件属于私聊，私聊咨询属于科音有偿业务
----------------------------------------------------
2015.11.28 00:27:30
Q:
sob老师，我最近试了一下Multiwfn计算激发态的Δr参数，以及更以前那种＜|a|||b|＞轨道重叠积分，发现前者的计算速度比后者(仅计算一对轨道)快了十几到二十几倍，不知道是为什么？猜测是不同数学形式所导致的难易差别，但是具体原因自己不太明白~烦请老师指教，谢谢~
A:
因为＜|a|||b|＞需要通过数值格点进行积分，计算量大得多，而delta_r的计算都是简单的解析公式
----------------------------------------------------
2015.11.28 08:51:39
Q:
请问体系含有偶数个电子，体系带有1个负电荷，自旋多重度设为1，那么是不是应该看做开壳层，用Ub3lyp计算。
A:
否
----------------------------------------------------
2015.11.28 09:25:14
Q:
我现在想用QST2来搜索过渡态，以Diels-Alder?? C2H4+C4H6=C6H10反应为例
我首先分别对C2H4，C4H6和C6H10进行了几何优化，然后把优化后的C2H4和C4H6结构凭化学感觉放在一起作为反应物，反应物结构和生成物的结构
相差比较大。反应物和生产物原子编号核对了遍也是对的，进行计算就报错。
第二个：我把C2H4和C4H6放在一起优化后，作为反应物，进行搜索，也是报错；
第三个：直接不对C2H4和C4H6优化，
-1.55162000??? 0.12488900??? 0.00000000
C????????????????? 0.60183400??? 0.41096000??? 0.00000000
H????????????????? 1.55162000?? -0.12488900??? 0.00000000
C????????????????? 0.60183400??? 1.75151300??? 0.00000000
H????????????????? 1.52431400??? 2.32418500??? 0.00000000
H???????????????? -0.32530500??? 2.32079600??? 0.00000000
C???????????????? -2.43928584??? 1.31535609?? -1.24283048
H
-1.45038635??? 1.72419068?? -1.04859762
H???????????????? -3.20113408??? 2.02589457?? -1.55510706
C???????????????? -2.70244535??? 0.01796767?? -1.10601411
H???????????????? -3.69134484?? -0.39086691?? -1.30024697
H???????????????? -1.94059712?? -0.69257080?? -0.79373753
C???????????????? -0.60183400?? -1.75151300??? 0.00000000
H???????????????? -1.52431400?? -2.32418500??? 0.00000000
H
Nov 27 22:57:39 2015.
Job cpu time:?????? 0 days? 0 hours? 0 minutes? 2.3 seconds.
File lengths (MBytes):? RWF=????? 5 Int=????? 0 D2E=????? 0 Chk=????? 1 Scr=????? 1
0.32530500?? -2.32079600??? 0.00000000
product
0 1
C???????????????? -0.11930000?? -0.65780700??? 1.30611000
H???????????????? -0.22463600?? -1.18366300??? 2.25468200
C????????????????? 0.11930000??? 0.65780700??? 1.30611000
H????????????????? 0.22463600??? 1.18366300??? 2.25468200
C????????????????? 0.25158600??? 1.48170400??? 0.04777100
H????????????????? 1.30533700??? 1.77326200
根据反应物倒推估计过渡态，把键断开，作为生成物，然后用QST2搜索，找到了过渡态（暂时还没用IRC确认）。
请问应该是C2H4和C4H6分开优化还是放在一起作为复合物一起优化呢？我觉得的是分开优化，但是计算结果有问题。
%chk=\TS.chk
%mem=6GB
%nprocshared=4
#b3lyp/6-31g(d) opt=(qst2,calcfc,maxcycle=500) freq nosymm scf=maxcycle=500
reactant
0 1
C???????????????? -0.60183400?? -0.41096000??? 0.00000000
H
-0.72300400?? -1.19168300
C???????????????? -0.25158600?? -1.48170400??? 0.04777100
H????????????????? 0.29883700?? -2.42589300??? 0.16351000
H???????????????? -1.30533700?? -1.77326200?? -0.09012700
报错：
New curvilinear step not converged.
Old curvilinear step not converged, using linear step:
SCX= 9.45D+00 DXMaxT= 1.33-317 SCLim= 0.00D+00 Fact= 0.00D+00
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /home/linhe/g09/l101.exe at Fri
-0.09012700
H???????????????? -0.29883700??? 2.42589300??? 0.16351000
C???????????????? -0.25158600??? 0.72505800?? -1.19226900
H???????????????? -1.35060300??? 0.72300400?? -1.19168300
H????????????????? 0.06276200??? 1.24408500?? -2.10605800
C????????????????? 0.25158600?? -0.72505800?? -1.19226900
H???????????????? -0.06276200?? -1.24408500?? -2.10605800
H????????????????? 1.35060300
我现在想用QST2来搜索过渡态，以Diels-Alder?? C2H4+C4H6=C6H10反应为例
请问应该是C2H4和C4H6分开优化还是放在一起作为复合物一起优化呢？我觉得的是分开优化，但是计算结果有问题。
%chk=\TS.chk
%mem=6GB
%nprocshared=4
#b3lyp/6-31g(d) opt=(qst2,calcfc,maxcycle=500) freq nosymm scf=maxcycle=500
reactant
0 1
C???????????????? -0.60183400?? -0.41096000??? 0.00000000
H???????????????? -1.55162000??? 0.12488900??? 0.00000000
C????????????????? 0.60183400??? 0.41096000??? 0.00000000
H????????????????? 1.55162000?? -0.12488900??? 0.00000000
C????????????????? 0.60183400??? 1.75151300??? 0.00000000
H????????????????? 1.52431400??? 2.32418500??? 0.00000000
H???????????????? -0.32530500??? 2.32079600??? 0.00000000
C???????????????? -2.43928584??? 1.31535609?? -1.24283048
H???????????????? -1.45038635??? 1.72419068?? -1.04859762
H???????????????? -3.20113408??? 2.02589457?? -1.55510706
C???????????????? -2.70244535??? 0.01796767?? -1.10601411
H???????????????? -3.69134484?? -0.39086691?? -1.30024697
H???????????????? -1.94059712?? -0.69257080?? -0.79373753
C???????????????? -0.60183400?? -1.75151300??? 0.00000000
H???????????????? -1.52431400?? -2.32418500??? 0.00000000
H????????????????? 0.32530500?? -2.32079600??? 0.00000000
product
0 1
C???????????????? -0.11930000?? -0.65780700??? 1.30611000
H???????????????? -0.22463600?? -1.18366300??? 2.25468200
C????????????????? 0.11930000??? 0.65780700??? 1.30611000
H????????????????? 0.22463600??? 1.18366300??? 2.25468200
C????????????????? 0.25158600??? 1.48170400??? 0.04777100
H????????????????? 1.30533700??? 1.77326200?? -0.09012700
H???????????????? -0.29883700??? 2.42589300??? 0.16351000
C???????????????? -0.25158600??? 0.72505800?? -1.19226900
H???????????????? -1.35060300??? 0.72300400?? -1.19168300
H????????????????? 0.06276200??? 1.24408500?? -2.10605800
C????????????????? 0.25158600?? -0.72505800?? -1.19226900
H???????????????? -0.06276200?? -1.24408500?? -2.10605800
H????????????????? 1.35060300?? -0.72300400?? -1.19168300
C???????????????? -0.25158600?? -1.48170400??? 0.04777100
H????????????????? 0.29883700?? -2.42589300??? 0.16351000
H???????????????? -1.30533700?? -1.77326200?? -0.09012700
报错：
New curvilinear step not converged.
Old curvilinear step not converged, using linear step:
SCX= 9.45D+00 DXMaxT= 1.33-317 SCLim= 0.00D+00 Fact= 0.00D+00
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /home/linhe/g09/l101.exe at Fri Nov 27 22:57:39 2015.
Job cpu time:?????? 0 days? 0 hours? 0 minutes? 2.3 seconds.
File lengths (MBytes):? RWF=????? 5 Int=????? 0 D2E=????? 0 Chk=????? 1 Scr=????? 1
A:
复合物优化。
这种问题用QST2没意思，opt=ts方便得多
Q:
就是直接优化凭化学知识推测的过渡态？
A:
y
用这个就能跑出DA的过渡态
%chk=C:\gtest\DA_TS.chk
# b3lyp/6-31G* opt(ts,calcfc,noeigen)
Title Card Required
0 1
C -0.36588324 -0.56662719 1.29755016
H -0.30247490 -1.54523986 0.86953542
H -0.19033432 -0.56792910 2.35305046
C -1.18269316 0.36588416 0.75000000
H -1.66583326 1.09051320 1.37160148
C -1.18269316 0.36588416 -0.75000000
H -1.66583326 1.09051320 -1.37160148
C -0.36588324 -0.56662719 -1.29755016
H -0.30247490 -1.54523986 -0.86953542
H -0.19033432 -0.56792910 -2.35305046
C 1.34551864 0.20771952 0.72000000
H 2.23949659 -0.18059424 0.94364224
H 1.13749245 1.16139108 0.93733765
C 1.34551864 0.20771952 -0.72000000
H 1.13749245 1.16139108 -0.93733765
H 2.23949659 -0.18059424 -0.94364224
PS：
maxcycle=500
scf=maxcycle=500
会遭人鄙视
Q:
我现在想搞明白qts2问题呢
结果好像只计算了100次优化
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
都在狂批这种设定
----------------------------------------------------
2015.11.28 09:30:03
Q:
sob老师，问您下：在纯水溶液中分子与材料吸附过程中，有没有公式描述吸附自由能与分子大小、分子中原子电荷之间的关系呢？
A:
没听说过
得实际去算算
----------------------------------------------------
2015.11.28 13:58:44
Q:
请教学习NAMD有什么好的教程么？
或者学习资料书？
A:
官网一堆教程
----------------------------------------------------
2015.11.28 14:43:16
Q:
可不可以理解，虚频小的势垒，越容易发生tunneling啊？
A:
否。虚频越大，对应势垒越窄，这时才越容易发生
[图片]
----------------------------------------------------

复制代码

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-3 01:07:14

刚才没有贴全，已更新。

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