请教用gromacs进行伞状抽样计算PMF的问题

418086011 · 发表于 Post on 2021-5-3 09:18:29

本人最近用gromacs做伞状抽样计算PMF时，通过pull拉出一系列构型之后，分别选取了23个窗口进行10 ns的npt模拟，
用指令'gmx mdrun -v -deffnm umbrella -pf pullf -px pullx'跑，运行正常结束，没有报错，但是却没有生成pullf.xvg和pullx.xvg文件，请问是什么原因呢？谢谢大家！

liuxdhs · 发表于 Post on 2021-6-25 10:09:25

一般用-px pullx.xvg -pf pullf.xvg

好学 · 发表于 Post on 2026-3-13 17:44:31

liuxdhs 发表于 2021-6-25 10:09
一般用-px pullx.xvg -pf pullf.xvg

请问计算PMF只需要这个命令吗,还需要其他文件吗

好学 · 发表于 Post on 2026-3-13 17:46:03

本帖最后由好学于 2026-3-13 18:18 编辑

求完整教程

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[GROMACS] 请教用gromacs进行伞状抽样计算PMF的问题