利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

Uus/pMeC6H4-/キ

上个月的http://bbs.keinsci.com/thread-55724-1-1.html的楼主表示GaussView设置原子间距与clean功能也可以拉直大分子。

前两天Mole Day新发布的1.102.0版Avogadro2终于又把Avogadro的Auto Optimize Tool找回来了，要用Avogadro2拉直分子的话记得更新。目前可以选择GAFF、MMFF94、UFF等分子力场或LJ势来让分子弛豫，但是Avogadro原有的更新步数、优化算法、是否移动固定或忽略原子的设置还没在Avogadro2实现。该版本号称是下个大版本更新前的最后beta测试版，不知到时又会如何。（提醒：有关Avogadro2的用户反馈发在本论坛对改进软件没啥帮助，应当发到github的issue或者软件内Help - Discussion Forum指向的专属用户论坛去。）