蛋白在水溶液中解折叠的模拟问题

961106 · 发表于 Post on 2021-5-8 16:15:59

老师您好，我做了一个水盒子里蛋白（泛素）的溶液态模拟，我设置的蛋白电荷是高电荷态，但是模拟了50ns都没有解折叠，与通常认为的高电荷解折叠的现象不一致，这是什么原因导致的呢？但是我在气相中对这个高电荷的蛋白质进行纯气相模拟，发现蛋白很快解折叠了，请问老师，这是因为什么呢，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-9 04:01:27

如果有什么证据50ns的尺度就应该解折叠，那是模拟的问题，诸如力场不不合适，模拟参数不合理等等。如果没有证据，跑更长的时间再看看，蛋白质大幅构象变化本身时间尺度就很长。

气相中没有溶剂对带电残基之间显著的静电作用产生屏蔽、对带电残基稳定化，这个过程自然会很快。

961106 · 发表于 Post on 2021-5-9 10:19:54

sobereva 发表于 2021-5-9 04:01
如果有什么证据50ns的尺度就应该解折叠，那是模拟的问题，诸如力场不不合适，模拟参数不合理等等。如果没有 ...

谢谢老师

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