消虚频

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-7 19:54:30

本帖最后由风飞于 2015-12-7 20:10 编辑

怎样根据振动形式来消虚频？之前百度说用最后带有虚频的输出文件的最后坐标加上有虚频下的振动形式，重新组成新的输入文件在进行计算，可是我这样加上后，发现结构差异比较大，那么请问老师，怎样根据振动形式来消虚频呢？如果有多个虚频，那么又该怎样处理了？谢谢老师！

之前已经看过您的那个通过加关键词来消虚频的帖子，但是还是存在一个较小的虚频，听您的建议后加上calcall,但是由于体系较大和计算配置低的原因，一天只走一步，所以想请教老师用振动形式来消虚频的方法。对于根据振动形式和加关键词，这两者虚频的有什么区别，或者是优势呢？一般我们是最先选择加关键词在选用很据振动形式来消虚频吗？或者是这两种哪种一般更加的有效呢？谢谢老师！

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2015-12-7 20:06:51

最好拿出详细的输入与输出，并且参考@sobereva 的文章

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-7 21:02:05

不要信百度的任何东西。

处理方法这里写了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

按照虚频方式移动结构我已经批判过多次了，你在本论坛里也能搜到，绝大多数情况根本不是什么好方法。按虚频模式移动的程度难以选择，再加上坐标之间的耦合，这个虚频搞掉了新的虚频又出来了。按照虚频挪动结构属于口口相传的“消虚频”的不佳方法。实在没辙了才值得试试看看是不是能侥幸解决。

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-7 21:08:39

sobereva 发表于 2015-12-7 21:02
不要信百度的任何东西。

处理方法这里写了

恩

好的谢谢老师！

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-7 21:10:03

sobereva 发表于 2015-12-7 21:02
不要信百度的任何东西。

处理方法这里写了

恩好的谢谢老师

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-15 08:34:44

sobereva 发表于 2015-12-7 21:02
不要信百度的任何东西。

处理方法这里写了

老师：您好!我之前优化的关键词是#p PBE1PBE/def2TZVP opt(tight,gdiis,maxstep=5) int=ultrafine freq=noraman,结果出现了-2左右的虚频，您建议我直接加关键词calcall,所以最终我的关键词是#P PBE1PBE/def2TZV opt=calcall.请问少了tight，int=ultrafine,会不会对能量和结构产生影响了？如果有那大概是多大呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-15 08:39:09

风飞发表于 2015-12-15 08:34
老师：您好!我之前优化的关键词是#p PBE1PBE/def2TZVP opt(tight,gdiis,maxstep=5) int=ultrafine freq=n ...

不会有可查觉的影响

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-15 09:41:34

恩

，好的，谢谢老师！

kevin · 发表于 Post on 2015-12-16 17:15:26

sobereva 发表于 2015-12-15 08:39
不会有可查觉的影响

请问sob老师，我碰到过opt和freq后面都是4个yes，但仍然有-6的虚频的情况。利用calcall确实也消除了虚频，但是看您的帖子我的理解是，出现了NO才有可能出现虚频，而出现NO也不一定就有虚频。请问这是怎么回事呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-17 00:53:59

kevin 发表于 2015-12-16 17:15
请问sob老师，我碰到过opt和freq后面都是4个yes，但仍然有-6的虚频的情况。利用calcall确实也消除了虚频 ...

opt全是YES有虚频是正常情况，freq后面全是YES却还有虚频，极少会有这种情况，属于赶巧了。

kevin · 发表于 Post on 2015-12-17 08:42:08

sobereva 发表于 2015-12-17 00:53
opt全是YES有虚频是正常情况，freq后面全是YES却还有虚频，极少会有这种情况，属于赶巧了。

恩，谢谢老师。看来用近似hessian矩阵计算一切皆有可能啊。

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-22 11:05:03

老师：您好！看了您的帖子之前出现的虚频，加上calcall后，opt出现的是四个yes,但是虚频还是继续存在并且没有发生变化，根据的您帖子的描述可能的原因是： (1)优化时用的级别、数值设定（如DFT积分格点）等因素和几何优化时不完全一致 (2)用gview读取优化的输出文件，然后又保存成freq任务的输入文件的时候，由于小数位数有限，因此造成了一点数值误差 (3)几何优化的时候用了GDIIS（默认的GEDIIS也有一定GDIIS的成份），由于这种方法预测下一步位移的时候还会参考之前步的信息，因此会和freq时基于牛顿法判断出的位移有所不同。我之前的优化的命令是：#p PBE1PBE/def2TZVP opt(tight,gdiis,maxstep=5) int=ultrafine freq=noraman，加上calcall的优化命令是：#p PBE1PBE/def2TZVP opt(tight,gdiis,calcall) int=ultrafine freq=noraman, 是否可以排除第一点（优化时用的级别、数值设定（如DFT积分格点）等因素和几何优化时不完全一致）。根据您说的：如果对频率/结构的准确度要求高，或者发现出现了虚频，则应当做更精确的优化。，此处，在您看来对于接下来用NICS，NBO，结合Multiwfn（多中心键级，ELF，MO）来分析其芳香性的会有影响吗？尤其是有一个结构加上calcall后之前的三个虚频（-58.76，-1.95， -1.96）还是没有丝毫的变化。如果需要继续消虚频，我是否可以从第三点考虑：去掉gdiis进行优化，然后在加上calcall进行优化，您觉得这样作用大吗？至于第二点：发现out文件中的坐标保留位数是小数点后6位，而在高斯view中保留的输入文件是小数点后8位。所以第二点是否可以排除。您在回复楼上Kevin的时候提到“赶巧”。这个的意思是否是：“如果是赶巧，我们可以忽略”。谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-22 16:29:41

风飞发表于 2015-12-22 11:05
老师：您好！看了您的帖子之前出现的虚频，加上calcall后，opt出现的是四个yes,但是虚频还是继续存在并且 ...

你就写
#p PBE1PBE/def2TZVP opt(tight,calcall) int=ultrafine
此时虽然没写freq，但是会自动在末尾做振动分析，你看有没有虚频
如果确实有，看虚频对应什么运动模式，以判断怎么处理。可以考虑在gview里按照虚频微移结构，然后再用这些关键词继续优化。
对波函数分析有没有影响看虚频涉及什么区域，如果分析的区域也正是虚频运动模式涉及的区域，就可能不合理。

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-22 20:41:54

恩，好的我再试试，谢谢老师

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[新手求助] 消虚频

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