气液界面BOMD模拟中，怎么实现初始结构的随机性？

lijing522 · 发表于 Post on 2021-5-24 21:03:47

请问，在气液界面BOMD模拟中，怎么实现初始结构的随机性？用packmol可以吗？可以的话脚本应该怎么写？或者用是其他程序实现吗？有没有哪位大神帮忙解答一下，谢谢。比如Fig.1中界面处的两个分子怎么实现随机摆放（我现在是手动摆放的）。类似Fig.2和Fig.3中文献的做法，随机模拟多条路径，如何随机获得多个初始结构。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-25 00:20:47

恰当利用genmer
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

lijing522 · 发表于 Post on 2021-5-25 10:05:21

老师，我做的是动力学模拟，并不是团簇构型的搜索。所以这个程序也可以用于构建动力学的初始模型吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-5-25 11:27:50

你拿classical force field跑一堆初始构象就行。

但是现在都2021年了，做这种简单反应建议上MetaD直接拉自由能面。

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[综合交流] 气液界面BOMD模拟中，怎么实现初始结构的随机性？