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[GROMACS] 求助:为什么水盒子在低温下计算的熵竟然比高温下还要大?

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我用gromacs模拟了一个纯水盒子,想计算它在300K和253K下的熵,用了gmx energy命令提取了总能量,温度和焓,然后利用公式S=(H-G)/T计算熵,结果算得300K下的熵为3.983cal/mol/K,而253K下的熵为4.724cal/mol/K,这实在是太诡异了,低温下熵不是应该更小才对吗?

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发表于 Post on 2021-5-26 18:58:37 | 只看该作者 Only view this author
你读的哪个数?你的截图没提到熵啊。不会是把enthalpy(焓)认成entropy(熵)了吧
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-26 19:18:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 18:58
你读的哪个数?你的截图没提到熵啊。不会是把enthalpy(焓)认成entropy(熵)了吧

熵不就是内能减去焓再除以温度吗?我的熵是用提取的那三个热力学量计算得到的呀

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发表于 Post on 2021-5-26 19:41:47 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
请你算下体积乘以压强

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-26 19:54:20 | 只看该作者 Only view this author
get-it 发表于 2021-5-26 19:41
请你算下体积乘以压强

300K下的PV是5.478kj/mol,253k下的PV是5.41465kJ/mol

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发表于 Post on 2021-5-26 20:38:00 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-26 12:18
熵不就是内能减去焓再除以温度吗?我的熵是用提取的那三个热力学量计算得到的呀

H = U + pV,你算(U-H)/T得到的是-pV/T,跟熵毫无关系
我估计你是把这个和S=(H-G)/T搞混了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-26 21:42:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 20:38
H = U + pV,你算(U-H)/T得到的是-pV/T,跟熵毫无关系
我估计你是把这个和S=(H-G)/T搞混了

谢谢您的回复,确实是搞混了。请问那个G要怎么得到呢,不知道这个G的话还是没办法求熵

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发表于 Post on 2021-5-27 10:33:59 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-26 21:42
谢谢您的回复,确实是搞混了。请问那个G要怎么得到呢,不知道这个G的话还是没办法求熵

这种模拟是肯定算不出绝对自由能和熵的。

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发表于 Post on 2021-5-27 12:12:46 | 只看该作者 Only view this author
你为什么要求熵,求它是为了描述什么?你的课题肯定不是“求xxxx体系的熵”吧。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 14:08:33 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2021-5-27 12:12
你为什么要求熵,求它是为了描述什么?你的课题肯定不是“求xxxx体系的熵”吧。

我是为了对比不同体系的混乱度的区别

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 14:10:38 | 只看该作者 Only view this author
coolrainbow 发表于 2021-5-27 10:33
这种模拟是肯定算不出绝对自由能和熵的。

我是不是可以先算出亥姆霍兹自由能A,再加上PV来求得G呢?

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发表于 Post on 2021-5-27 15:30:22 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-27 14:10
我是不是可以先算出亥姆霍兹自由能A,再加上PV来求得G呢?

这些量的绝对值都没有什么物理意义,只有描述某个过程的相对值才有意义

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发表于 Post on 2021-5-27 18:53:17 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-27 14:10
我是不是可以先算出亥姆霍兹自由能A,再加上PV来求得G呢?

不能。
绝对自由能是非常难算的。你能算出来的话可以发个Science了

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