计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9105|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助走amber tutorial的伞形采样例子的问题(已解决)

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

0

威望

436

eV
积分
485

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 冷血 于 2021-7-28 15:35 编辑

请问各位老师,我在走amber tutorial的AMBER Advanced Tutorial 17 - Umbrella Sampling Example : Section 2 (ambermd.org)例子时,发现这样一个问题,参数设置全是copy的教程,自己计算得到的dihedral_120.dat全是0,部分结果如下所示,但是 ambpdb -p ala_tri.prmtop -c ala_tri_prod_120.rst > ala_tri_120.pdb获得的ala_tri_120.pdb与起始的pdb中,(9,15,17,19)组成的二面角的确出现了60°/120°偏移,请问这是为啥呢?(已解决)
       0     0.000
      50     0.000
     100     0.000
     150     0.000
     200     0.000
     250     0.000
     300     0.000
     350     0.000
     400     0.000
     450     0.000
     500     0.000
     550     0.000
     600     0.000
     650     0.000
     700     0.000
     750     0.000
     800     0.000
     850     0.000



1

帖子

0

威望

29

eV
积分
30

Level 2 能力者

2#
发表于 Post on 2021-11-16 15:23:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,我也出现了同样的问题,请问原因是什么

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 15:24 , Processed in 0.196820 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list