求助蛋白-配体复合物模拟限制性动力学步骤崩溃

Cephii

体系是这样的：一个蛋白和两个不同的配体（命名为：PMP和UNK）一起跑分子动力学，配体和蛋白初始位置是分子对接得到的。


我遇到的问题是：体系做能量极小化前产生拓扑文件、设盒子、加水、加离子都一切正常（图1）；在体系做EM后，Fmax达不到<100的要求，且观察得到的em.gro文件发现配体PMP的O4和O5距离近被自动判断为成键，Maximum Force=8.8681438e+04也来自此O5（图2）；继续进行限制性动力学100ps，结果在第20步（0.02ps）就因Warning: pressure scaling more than 1%，Segmentation fault (core dumped)停止了，从step1开始一直有LINCS Warning，查看输出的step15的pdb文件，发现配体PMP的P原子和O原子已经跑散了（图3）



回去查看了之前的步骤，有一个Warning在加离子前、能量极小化、和限制性动力学的grompp中都出现了：
WARNING 1 [file ffnonbonded.itp, line 72]:
  Too few parameters on line (source file
  /sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp, line 290)



不知道这个会不会是崩溃的原因，请教体系遇到这样的问题要怎么解决呢？

sobereva

我没时间仔细看你的文件，但大概率是配体的拓扑文件有问题
建议你先在真空下单独跑每个配体的动力学，检查是否能正常跑、结构波动是否合理
Too few parameters on line这种提示一般说明拓扑文件相应的行的定义格式有问题，仔细检查

Cephii

sobereva 发表于 2021-6-23 00:50
我没时间仔细看你的文件，但大概率是配体的拓扑文件有问题
建议你先在真空下单独跑每个配体的动力学，检查 ...

好的我试一下单独跑动力学，谢谢老师！

Cephii

老师您好，我单独跑了一下配体PMP在水盒子里的动力学，结果也是在平衡模拟时崩溃，从step18799开始出现LINCS Warning，到step18873完全崩溃，观察最后一帧输出的pdb文件，发现配体PMP已经跑散了，如图1：

输出记录如下：
Step 18799, time 37.598 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.202612, max 0.758103 (between atoms 2 and 30)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
      2     30   90.0    0.0973   0.1711      0.0973
Wrote pdb files with previous and current coordinates
......
（37.746ps）
step 18873: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)

应该是小分子PMP确实有问题，请问有高手可以帮忙看一下文件吗？
PMP的结构式如图2所示，生成过程是将PMP的pdb文件在GaussView中加氢之后保存为mol2，再利用acpype.py生成拓扑文件（带1个正电荷）

Cephii

目前问题已经解决了，问题可能出在加溶剂的时候水的位置不是特别好导致跑动力学步长大时容易崩溃。解决方法是更换ZINC上下载的小分子mol2文件重新对接作为初始构象，同时将限制性动力学的mdp文件中步长1fs改为0.2fs，总时长改为50ps。md过程按之前程序正常跑。
对于一直出现的WARNING 1 [file ffnonbonded.itp, line 72]: Too few parameters on line (source file 这个提示并不影响后续进行动力学过程，对此体系忽略即可。
感谢各位老师的解答！

Seymour

苯环上的N不需要加氢吧。而且你好像有个羟基上的氢没加上。

Cephii

Seymour 发表于 2021-6-28 14:15
苯环上的N不需要加氢吧。而且你好像有个羟基上的氢没加上。

上面PMP的图应该放错了，最后md跑通的配体结构是从ZINC里面下载的，里面有一个PH=7.4条件下的质子化状态，没有更多的数据也就按照他的结构来做了。

PMP结构链接：http://zinc.docking.org/substances/ZINC000001532708/