对整体结构中部分结构进行簇分析求助

landian666

我想针对一个结构中一部分残基进行簇分析,用的如下方法,想请教您是不是可以:
我用cpptraj中dbscan做密度聚类做簇分析,假如输入的结构有200个残基,我在cluster的rms命令中只考虑前27个残基(命令如 rms :1-27&!@H \),是不是可以说我是针对了这27个残基做了簇分析,并没有考虑其他残基对簇分析的影响?
完整命令如下,谢谢:
cpptraj
parm dna1.prmtop   #
trajin dna1.mdcrd     #输入结构含有200个残基

cluster C3 \
        dbscan minpoints 4 epsilon 2.9 sievetoframe \
        rms :1-27&!@H \
        sieve 10 \
        random \
        out cnumvtime.dat \
        summary summary.dat \
        info info.dat \
        cpopvtime cpopvtime.agr normframe \
        clusterout trajfile \
        repout rep repfmt pdb \
        singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \
        avgout Avg avgfmt restart
run