求助有关蛋白-配体分子动力学后VMD显示结构时的问题

5撇到3撇

刚刚接触gromacs，最近拿了一个之前做分子对接的结果跑了30ns，配体是一个含磷的药物分子。用VMD检查轨迹的时候发现，C-P键都断开了（图1），但是在pymol里打开md_0_1.gro小分子是完整的（图2），想请教一下老师可能是什么原因呢？与小分子的拓扑、电荷有关系吗？还是因为mdp的参数不合适，导致断开的呢？

还有个问题就是模拟时，中途崩溃（water can not be settled）时我查看给出的那一步的pdb文件，发现体系中添加的离子和我的配体挨得很近，配体结构不完整（图3），个人感觉是因为挨得太近才会报错中断（不知道是不是这个原因），所以想请教一下老师需要设置什么可以避免呢？
谢谢老师能够抽空回答！
图一
图二
图三

sobereva

VMD对成键的判断问题。距离太远没当成成键
1 仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
模拟没有必然不合理的地方

2 一个视角看不清楚。仔细检查力场参数合理性

5撇到3撇

sobereva 发表于 2021-7-13 16:09
VMD对成键的判断问题。距离太远没当成成键
1 仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

好的，谢谢老师！我再看看。