用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文件

boqiang

ggdh 发表于 2025-6-13 21:17
因为A1 只能和A1 连， A2 只能和A2 连，所以会连成你这样
你这个利益，应该用首先定义头位基团（H和T)， ...

不太理解为什么要切C-F键，尝试了一下，得不到想要的结构，反而是A1H与A1T有连接，我的目的是两端的C-H按顺序连接，跟C-F没有关系， 即A1-A2-A1-A2-A1-A2...这样的顺序，而不是A1-A2-A2-A1-A1-A2....

boqiang

boqiang 发表于 2025-6-26 16:01
不太理解为什么要切C-F键，尝试了一下，得不到想要的结构，反而是A1H与A1T有连接，我的目的是两端的C-H按 ...

按照这个方法，先定义头和尾，中间定义两端C-H，可以实现，感谢。

xxd

使用ztop进行参数转移保存时会出现下面warnings和error报错：

1. label          formula sites
   
2.     H  xxx   
   
3. //app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py:1124: GromacsWarning: 76 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] section and were set to zero; make sure you know what you're doing!
   
4.   warnings.warn('%i 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] ')
   
5. 
   
6. Traceback (most recent call last):
   
7.   File "//../coordmagic/ztop.py", line 370, in <module>
   
8.     pr.ps.save(f,overwrite=True,**options)
   
9.   File "//app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/structure.py", line 1548, in save
   
10.     s = gromacs.GromacsTopologyFile.from_structure(self)
    
11.   File "//app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 226, in from_structure
    
12.     scee_values.add(1/adjust.type.chgscale)
    
13. ZeroDivisionError: float division by zero

复制代码

经检查发现是由于连接处产生了新的1-4相互作用对，但是`[ pairs ]`里没有更新。
目前的解决方法是：`--saveinfo d`产生要转移的csv二面角，新产生的二面角为缺失的1-4相互作用， 改成 `atom1 atom4 1`的形式，加入到a.top的[ pairs ]。

想请问大家使用过程中是否也遇到这个问题呢，这样解决是否可行。

hhhhhwaaa

钟老师，您好，我在使用参数转移功能时，能看到你的教程里面的输出，但是我发现top文件和pdb文件都没有更新，怎么确定参数转移已经成功了呢？