采用量化计算不同反应位点的可能性。

tjuchan · 发表于 Post on 2015-12-23 11:19:27

本帖最后由 tjuchan 于 2015-12-23 15:03 编辑

大家好！我之前都是做实验的，一直想寻找一些理论支持我的实验结果。最近看了一篇采用量化计算不同反应位点的可能性(定量)文章，非常好奇。想咨询一下大家。文献做的是MnO4-催化氧化甲苯，图1 是作者写的几个反应位点的反应路径。中间的是过渡态（问题1：这个过渡态怎么计算的啊？opt+freq只有一个虚频就行了么，我看帖子上有人建议采用反应物+猜想的过渡态+产物构型一起去找过渡态构型，这该如何计算呢？但是之后再做IRC是干什么呢?）

图2是不同反应位点的活化能以及概率计算，问题是这个活化能和反应概率（文献是Activation Gibbs free energies和contribution of alternative pathway(%F)）是怎么计算的么？freq后就可以得到吗？
我的理解是 Activation Gibbs free energies=过渡态的Gibbs-反应物的Gibbs
然后反应的Gibbs变=产物的Gibbs-反应物的GIbbs，不知道对不对呢？

不好意思哈

，这样问问问题有点不妥，因为自己没翻阅足够的文献。大家见谅，也希望大家介绍一写文献(关于计算过渡态的做IRC)。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-23 12:26:04

看《Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods》的相关章节完了再来问。
（不要问我哪里有这本书）

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-23 14:13:21

两个公式没错，contribution of alternative pathway应该是利用活化自由能，根据过渡态理论计算出四个路径的反应速率常数，然后得到比例。
把活化自由能填入此表就能得到反应速率常数：
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格（http://sobereva.com/310）

tjuchan · 发表于 Post on 2015-12-23 14:30:01

liyuanhe211 发表于 2015-12-23 12:26
看《Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods》的相关章节完了再来问。
（不要问我哪里有 ...

谢谢。有这本书，之前看了，不过看的是中文版，没跟着做例子。我好好学学！

tjuchan · 发表于 Post on 2015-12-23 14:31:24

sobereva 发表于 2015-12-23 14:13
两个公式没错，contribution of alternative pathway应该是利用活化自由能，根据过渡态理论计算出四个路径 ...

谢谢回答。表格已下载。我先看看基础文献，边计算着，不懂再来请教您

melotus · 发表于 Post on 2015-12-23 14:37:07

此贴仅作者可见？

tjuchan · 发表于 Post on 2015-12-23 21:06:18

melotus 发表于 2015-12-23 14:37
此贴仅作者可见？

没有吧！

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