mdrun做矿物-溶液-离子体系时遇到的一些问题

木林森 · 发表于 Post on 2021-7-19 11:40:39

最近在做矿物-溶液-离子体系，分别做了能量最小化，npt，nvt，在npt和nvt时各遇到了两个不同问题，以下是我的文件（gro文件略大，没上传）：

010Frozen.ndx (2.18 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

clayff.itp (81.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

MMT010.itp (410.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

npt.mdp (1.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

nvt.mdp (1.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

spc.itp (467 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

top-mmt-solna.top (2.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

问题一：
在进行npt时，用的是能量最小化后生成的gro文件，提交运行后可以跑起来，但过一段时间就会自动停下并报错：Fatal error:
1 of the 73421 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.66356 nm) or the two-body cut-off distance (1.66356 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck
但如果使用须跑命令，它又可以跑起来，不过过一段时间又会出现同样的报错，当我更换了体系中的离子类型后（比如将Na全部替换为Pb），又可以正常运行，不会报错

问题二：

我在构建体系时，在矿物局部地方同时将两个-OH连接到一个Al原子上（如图中abc和ade），abc中的羟基是通过将水分子去掉一个氢原子实现的，并在MMT010.itp中增加了相应的键长和键角，但在进行能量最小化时abc中的-OH会从Al上脱离进入真空层（如第二张图），而ade另一个羟基就正常连接。

问题一二出现在不同体系中的，请问大家这个两个问题该怎么样解决？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 22:55:11

2 可能是bond项没起作用，检查拓扑文件写错没有。谐振势如果生效的话绝对不可能跑那么远

木林森 · 发表于 Post on 2021-7-20 16:13:24

sobereva 发表于 2021-7-19 22:55
2 可能是bond项没起作用，检查拓扑文件写错没有。谐振势如果生效的话绝对不可能跑那么远

谢谢sob老师，我仔细检查过itp文件，应该没啥问题，也不知道该怎么解决了

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