xTB程序使用GFNFF力场进行MD时报错

jackxws · 发表于 Post on 2021-7-20 12:34:03

程序为独立的xTB程序，使用GFNFF力场进行OPT时一切正常，把优化结果拿来进行MD时出现如下错误：

参阅了fortran常见错误列表39条说是读取错误但也没给出更具体的信息：

尝试了由大到小多种不同结构文件均出现了这个错误，说明是输入设置问题或服务器设置问题

输入文件inp是按照官方操作说明写的：
$md
time=50
step=1
velo=false
nvt=true
temp=300
hmass=1.0
shake=0
dump=20
sccacc=1.0
restart=true
$end

运行指令是 -xtb --gfnff abc.pdb --input inp --md

服务器环境设置如下：
export PATH=$PATH:/sob/xtb/bin
export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
ulimit -s unlimited

在.sh文件里加入了：
export OMP_NUM_THREADS=24
export MKL_NUM_THREADS=24
export OMP_STACKSIZE=5G

但是所有结构的OPT过程均可以正常运行并完成，说明服务器设置应该也没问题啊
一旦进行MD就会出错，改成使用 --gfn 2 或 --gfn 1 还是有这个问题，不知道是啥情况

相关运行文件见附件：

abc.pdb (13.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

inp (123 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)

run.sh (148 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7)

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-21 03:07:42

去掉restart=true，至少 xtb 6.3.2能正常跑

jackxws · 发表于 Post on 2021-7-21 10:08:06

sobereva 发表于 2021-7-21 03:07
去掉restart=true，至少 xtb 6.3.2能正常跑

真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。

另外，我发现做优化的时候，用cp2k的gfn-xtb优化3000多原子的体系近400个核用了将近一天，但是用xTB独立程序优化24核只用了不到一小时（虽然后面失败了），这效率差距也太大了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-21 15:41:07

jackxws 发表于 2021-7-21 03:08
真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。
...

xtb是OpenMP并行的，核数太多了并行效率不好，甚至反而可能拖慢计算。你可以试试把400个核换成24个核再比

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 00:48:54

jackxws 发表于 2021-7-21 10:08
真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。
...

你当前是跑一个新的任务，又不是要续算，写restart=true毫无意义
如果不考虑周期性，就没有任何理由用CP2K的GFN-xTB，毕竟xtb是专门给GFN-xTB计算设计的

jackxws · 发表于 Post on 2021-7-22 16:06:02

wzkchem5 发表于 2021-7-21 15:41
xtb是OpenMP并行的，核数太多了并行效率不好，甚至反而可能拖慢计算。你可以试试把400个核换成24个核再比

好的我试试看

jackxws · 发表于 Post on 2021-7-22 16:08:02

sobereva 发表于 2021-7-22 00:48
你当前是跑一个新的任务，又不是要续算，写restart=true毫无意义
如果不考虑周期性，就没有任何理由用CP ...

好的，我的体系不特别需要考虑周期性，用xtb独立程序比较方便快速

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[xtb] xTB程序使用GFNFF力场进行MD时报错