求助：液体的AIMD模拟如何往模型中添加正负离子？

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-8-10 21:23:01

大家好，求助：
想用CP2K进行液体的AIMD模拟，建模的时候如果想在液体盒子中添加一些特殊的离子（比如N2+,N4+）应该如何建模？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-11 02:40:54

packmol就可以
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

另外，gromacs里有个insert-molecules工具，也可以用于插入分子/离子

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-8-11 13:40:12

sobereva 发表于 2021-8-11 02:40
packmol就可以
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci. ...

谢谢Sob老师！
但还想请问：packmol需要的结构文件格式如.pdb、.xyz文件，好像没有存储电荷信息。
像N2+这类分子离子应该如何在模型中体现？
谢谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-11 15:17:52

时光故事去学习发表于 2021-8-11 06:40
谢谢Sob老师！
但还想请问：packmol需要的结构文件格式如.pdb、.xyz文件，好像没有存储电荷信息。
像N2 ...

sob老师的链接里已经说了，“Packmol在堆积过程只考虑空间因素，完全不考虑能量、电荷分布等额外问题。”

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-8-11 21:20:21

wzkchem5 发表于 2021-8-11 15:17
sob老师的链接里已经说了，“Packmol在堆积过程只考虑空间因素，完全不考虑能量、电荷分布等额外问题。”

好的，谢谢！我再琢磨琢磨。

一条君 · 发表于 Post on 2021-8-12 01:54:15

同新手，你是同时加入N2+,N4+吗，比如总的6价，3个N2+和1个N2+、1个N4+阴离子数不是有差别，会自动识别？
（我也好奇输入文件只写了元素，没写价态，几种多价阳离子混合的时候会不会搞错元素价态了，应该不会，但不知道原理）
觉得你可以把组分介绍下，高手应该好给意见

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-10-8 10:11:01

一条君发表于 2021-8-12 01:54
同新手，你是同时加入N2+,N4+吗，比如总的6价，3个N2+和1个N2+、1个N4+阴离子数不是有差别，会自动识别？
...

抱歉，我才看见帖子！
我还没考虑到离子组分的问题，只是想往常规的溶液（非电解质溶液）中添加一些离子考察这些离子的迁移行为。
其实我还没弄明白，packmol的输入文件好像没有电荷信息，包括N2的.pdb文件也没找到可以填写电荷的地方（我总觉得这样插入的是N2分子，没有电荷~抱歉啊我很新手），应该如何用packmol插入离子呢？请问你有好方法吗？
感谢~

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-8 11:49:25

你都跑AIMD了电荷也不是在这里设置的

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-10-8 13:44:24

喵星大佬发表于 2021-10-8 11:49
你都跑AIMD了电荷也不是在这里设置的

谢谢喵星大佬，在琢磨CP2K的输入文件了

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