离子配合物力场求助

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-13 18:09:06

本帖最后由 sun666 于 2021-8-13 18:10 编辑

最近要模拟一些镍离子与氨配位的金属配离子Ni(NH3)x2+ 请问各位大大如何生成力场参数呢。MCPB.py可以吗，生成的力场参数该如何严重适用性呢。或者直接在NH3与Ni2+直接加一个谐振势？那该如何确定力常数等参数呢
希望各位能提一些建议

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-13 23:04:02

拿Gaussian做个opt freq得到Hessian矩阵，然后用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可以生成bond、angle、dihedral项的力场参数。Ni的LJ参数可以用Merz的或UFF的，其它部分LJ参数可以用GAFF的。原子电荷可以用Multiwfn算的RESP电荷。把这些信息自己写个top文件即可。

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-16 14:18:13

sobereva 发表于 2021-8-13 23:04
拿Gaussian做个opt freq得到Hessian矩阵，然后用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可以生成bond、 ...

谢谢老师，还有一个问题，比如Ni2+可以与一个NH3、5个H2O配位形成六配位结构。那要不要对与水之间的键进行计算力常数等写入top，还是只计算与NH3之间的。因为Ni2+第一水合层的水应该是与水相中的水在交换把，加上与水之间的谐振势就把水固定了。
按着这个方法形成的金属配合物的力场可以用来计算溶解自由能吗。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-8-16 16:46:48

sun666 发表于 2021-8-16 14:18
谢谢老师，还有一个问题，比如Ni2+可以与一个NH3、5个H2O配位形成六配位结构。那要不要对与水之间的键进 ...

配位结构想算对，那离子起码要是各向异性的。考虑加virtual site吧。

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-16 19:49:31

k64_cc 发表于 2021-8-16 16:46
配位结构想算对，那离子起码要是各向异性的。考虑加virtual site吧。

请教您一下，加限制可以吗。我看有文章是对金属与有机分子形成的络合物之间加的简谐势进行限制，然后算的PMF。现在我就是不知道要不要对配位的水进行限制。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-17 00:32:28

sun666 发表于 2021-8-16 14:18
谢谢老师，还有一个问题，比如Ni2+可以与一个NH3、5个H2O配位形成六配位结构。那要不要对与水之间的键进 ...

考虑配体交换的话，就不设bond了

溶解自由能拿这种模型算远不及量子化学方式来算靠谱

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