请问MMPBSA.py可以用来计算共价作用的底物嘛？

冷血 · 发表于 Post on 2021-8-23 23:16:44

如题，请问各位老师，amber的MMPBSA.py可以计算共价结合的底物嘛？比如com=rec+lig(A+B)，A与B共价连接，但只想研究B对蛋白的影响，这种情况可以用MMPBSA.py嘛？之前在amberlist中貌似看到有人说不支持，相应链接后续找到再补上。可如果可以使用，需要注意什么呢？屏蔽A,B间的mm嘛？怎么屏蔽呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-24 11:33:26

脚本会把每部分的贡献分别输出，最后的MM部分贡献自行扣除掉就完了（最好1-4作用也扣掉）

冷血 · 发表于 Post on 2021-8-24 15:11:53

本帖最后由冷血于 2021-8-24 15:16 编辑

sobereva 发表于 2021-8-24 11:33
脚本会把每部分的贡献分别输出，最后的MM部分贡献自行扣除掉就完了（最好1-4作用也扣掉）

谢谢sob老师，再补充一个问题，就是在纯水相中，MMPBSA.py计算的PB与GB都为正值，但是用vmd看轨迹貌似没啥问题，底物也没跑出来。尝试过修改参数及pbc处理，但都没有改善，感觉静电波动较大，这是为啥呢？GB的具体结果如下：
GENERALIZED BORN:

WARNING: INCONSISTENCIES EXIST WITHIN INTERNAL POTENTIAL
TERMS. THE VALIDITY OF THESE RESULTS ARE HIGHLY QUESTIONABLE
Complex:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                   2199.9035             31.5889             4.9334
ANGLE                   5538.5524             62.0349             9.6882
DIHED                   8192.4442             33.1803             5.1819
VDWAALS                -5344.1523             32.9920             5.1525
EEL                   -43803.0670             144.0454          22.4961
1-4 VDW                2391.3564             19.6035             3.0616
1-4 EEL                23126.8304             66.9594          10.4573
EGB                   -7899.3438             113.4914          17.7244
ESURF                   196.5567             2.1299             0.3326
G gas                   -7698.1324             139.3546          21.7635
G solv                -7702.7871             113.1463          17.6705
TOTAL                -15400.9195             86.0866          13.4445

Receptor:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                   2193.3656             32.1592             5.0224
ANGLE                   5527.0882             62.0540             9.6912
DIHED                   8184.5901             32.9168             5.1407
VDWAALS                -5318.3895             32.6715             5.1024
EEL                   -43719.8777             144.2529          22.5285
1-4 VDW                2384.6468             19.9195             3.1109
1-4 EEL                23051.9358             66.7866          10.4303
EGB                   -7936.8663             113.0022          17.6480
ESURF                   198.4271             2.1416             0.3345
G gas                   -7696.6407             139.1642          21.7338
G solv                -7738.4391             112.7000          17.6008
TOTAL                -15435.0798             86.2581          13.4713

Ligand:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                      6.1738             2.0315             0.3173
ANGLE                      10.7732             2.0571             0.3213
DIHED                      5.6949             1.5568             0.2431
VDWAALS                   -0.9518             0.8799             0.1374
EEL                      -35.3603             0.7948             0.1241
1-4 VDW                   5.9704             0.8571             0.1339
1-4 EEL                   59.3632             1.1193             0.1748
EGB                      -30.8799             0.9725             0.1519
ESURF                      2.5725             0.0443             0.0069
G gas                      51.6635             3.5036             0.5472
G solv                   -28.3074             0.9574             0.1495
TOTAL                      23.3561             3.6924             0.5767

Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                      0.3640             0.3794             0.0592
ANGLE                      0.6909             0.5588             0.0873
DIHED                      2.1592             0.8820             0.1378
VDWAALS                   -24.8110             1.9334             0.3019
EEL                      -47.8290             5.1690             0.8073
1-4 VDW                   0.7392             0.2317             0.0362
1-4 EEL                   15.5314             0.4022             0.0628
EGB                      68.4024             4.0064             0.6257
ESURF                      -4.4429             0.1306             0.0204
DELTA G gas             -53.1553             5.4306             0.8481
DELTA G solv             63.9595             3.9477             0.6165
DELTA TOTAL                10.8042             3.2868             0.5133

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-25 09:06:42

冷血发表于 2021-8-24 15:11
谢谢sob老师，再补充一个问题，就是在纯水相中，MMPBSA.py计算的PB与GB都为正值，但是用vmd看轨迹貌似没 ...

结合过程溶解自由能部分变得更正并不代表有什么必然错误

冷血 · 发表于 Post on 2021-8-25 09:25:31

sobereva 发表于 2021-8-25 09:06
结合过程溶解自由能部分变得更正并不代表有什么必然错误

谢谢sob老师的回复，看样子这结果或许就这样了。改天我试试用gmx重新跑同样的体系，再g_mmpbsa重新算，看看结果是否有差异。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-25 11:33:28

用g_mmpbsa没什么必要，这个东西没Amber的MMPBSA.py成熟稳健
而且g_mmpbsa已经被https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/完全取代了

冷血 · 发表于 Post on 2021-8-25 13:42:22

sobereva 发表于 2021-8-25 11:33
用g_mmpbsa没什么必要，这个东西没Amber的MMPBSA.py成熟稳健
而且g_mmpbsa已经被https://valdes-tresanco- ...

谢谢sob老师，这两天我在看这篇文章，看看能否从中获得一些启发，https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemrev.9b00055

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