[GROMACS] 求助蛋白质pka预测结果与序列计算结果差别较大

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发表于 Post on 2021-8-24 14:54:49 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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我用蛋白质序列在expasy计算得到的理论等电点是8.63，然后用swiss-model找了一个序列一致性86%，相似性56%的模板建了模。之后用这个模型文件在H++上预测pKa，发现在pH8.63的位置仍带大约16个电荷且它告诉我理论等电点为9.66。根据实验结果，这个蛋白质的等电点应该是位于8.6-8.9之间。本人刚接触蛋白质模拟，求问这个结果差异源于哪里呢？应该怎么样正确预测pKa呢？

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