关于gmx_mmpbsa和PBSA计算结合自由能中的溶剂能的问题

国小药 · 发表于 Post on 2021-8-28 11:24:45

我在使用gmx_mmpbsa和PBSA计算结合自由能的时候，有时候会出现溶剂能为零的情况，这是正常的现象吗?如果不是，那可能的原因是什么呢轨迹文件是用GROMACS2019.4版本的跑出来的，动力学模拟过程中选择的水的类型是：spc216

Ryanchen · 发表于 Post on 2021-9-2 18:13:53

我也是出现了这个能量问题，你看看你计算的时候有没有出现APBS not avaliable.
pb sa是调用apbs来计算的。没有这个能量说明apbs可能没有调用成功

IamHK · 发表于 Post on 2021-11-12 11:01:18

Ryanchen 发表于 2021-9-2 18:13
我也是出现了这个能量问题，你看看你计算的时候有没有出现APBS not avaliable.
pb ...

你好，我也遇到这个问题了，使用的APBS3.0,linux解压后，调用gmx_mmpbsa.bash脚本显示APBS not avaliable.请问该怎样解决。谢谢了。

抠脚蔡鸡 · 发表于 Post on 2021-11-20 10:34:29

IamHK 发表于 2021-11-12 11:01
你好，我也遇到这个问题了，使用的APBS3.0,linux解压后，调用gmx_mmpbsa.bash脚本显示APBS not avaliabl ...

我也遇到这个问题，后来不用3.0版本，直接sudo apt install apbs,然后去脚本里设置一下路径就能用了

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