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[GROMACS] 请教分子动力学模拟方面的问题

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各位老师前辈好,我是一名分子动力学方面的新手,最近在用gromacs模拟核酸时,发现模拟到最后,核酸的双链分开,有一条链已经跑到盒子外面,同时rmsd在后30个ns波动很大,请问该怎样解决,谢谢各位老师前辈进行批评指教!(模拟时所用的模板我在下方给出)

rmsd.jpg (66.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

rmsd.jpg

DNA.jpg (56.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

DNA.jpg

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发表于 Post on 2021-9-24 09:26:41 | 只看该作者 Only view this author
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动,要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘,导致出现这种麻烦事。虽然可以修正轨迹,还得额外多做一步,而且还可能有DNA与相邻镜像距离太近的风险
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-24 09:54:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-24 09:26
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动,要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘,导致出现这种麻烦事 ...

感谢社长回复,那么老师,在进行模拟时应添加哪些命令语句来对DNA组消除平动和转动呢

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发表于 Post on 2021-9-24 09:56:07 | 只看该作者 Only view this author
AlexJax 发表于 2021-9-24 09:54
感谢社长回复,那么老师,在进行模拟时应添加哪些命令语句来对DNA组消除平动和转动呢

comm-grps  = DNA
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-24 11:24:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-24 09:56
comm-grps  = DNA
comm-mode  = angular

收到,感谢老师

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发表于 Post on 2021-10-29 10:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-24 09:26
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动,要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘,导致出现这种麻烦事 ...

老师,我研究方向是有机太阳能电池,其中涉及给体和受体两种材料,然后使用gromacs进行动力学模拟,想请问老师跑完MD后有什么方法可以判断两类分子混合的好坏程度?

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发表于 Post on 2021-10-30 10:04:20 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-29 10:06
老师,我研究方向是有机太阳能电池,其中涉及给体和受体两种材料,然后使用gromacs进行动力学模拟,想请 ...

算算同种分子之间、不同种分子间的径向分布函数,绘制到一起进行对比
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