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[GROMACS] 烷烃的pdb文件有数据库吗

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我想请教一下烷烃的pdb文件的数据库,网上有吗? 没有的话,我就自己搭建了。谢谢大家

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发表于 Post on 2016-1-14 10:26:06 | 只看该作者 Only view this author
先用gaussview或者avogadro自己搭 保存为mol2
然后用open babel转换成pdb

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发表于 Post on 2016-1-14 22:15:31 | 只看该作者 Only view this author
没有这种数据库。比较省事的方法是在chemdraw里画出结构,然后直接拷到chem3D里,用MMFF94优化一下,然后保存成pdb
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-19 18:21:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-14 22:15
没有这种数据库。比较省事的方法是在chemdraw里画出结构,然后直接拷到chem3D里,用MMFF94优化一下,然后保 ...

好的,谢谢sob老师,那我自己弄

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-19 18:21:33 | 只看该作者 Only view this author
smutao 发表于 2016-1-14 10:26
先用gaussview或者avogadro自己搭 保存为mol2
然后用open babel转换成pdb

好的,谢谢拉

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