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[GROMACS] 求助:体系插入或替换分子

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各位老师好,
我想插入或替换5个聚集的多肽分子(如图所示)到一个现有的密集体系中,没有足够的空间插入,因此无法使用insert-molecules,是否这样呢 ?
想请教各位,是否还有其他方法能够插入该聚集的多肽分子?


在此先谢过各位老师了!

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发表于 Post on 2021-10-7 07:38:56 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-10-7 22:45:40 | 只看该作者 Only view this author
说明“密集体系”具体是指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-8 20:04:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-7 22:45
说明“密集体系”具体是指什么

我想表达的是该体系没有足够的空间插入上面的聚集多肽分子,我想替换五个游离的多肽分子,但是应该由于没有空间导致错误。

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发表于 Post on 2021-10-9 17:14:42 | 只看该作者 Only view this author
ShTa 发表于 2021-10-8 20:04
我想表达的是该体系没有足够的空间插入上面的聚集多肽分子,我想替换五个游离的多肽分子,但是应该由于没 ...

用packmol直接建模
或者先用insert-molecules构建含有5个多肽分子的盒子,且盒子尺寸和原先密集体系大小相同。之后把这两个结构文件合并(多肽分子坐标粘到原先密集体系结构后面去),载入VMD并保存结构文件,保存时输入的选择语句借助not within x of... 扣除掉和多肽有重叠的密集体系里的分子

参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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