第一次建立晶体表面吸附模型，求教！

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-10-13 11:35:27

本帖最后由 renzhogn424 于 2021-10-13 12:03 编辑

目的是研究一种表面活性剂在萤石表面的吸附行为。
参考教程，对萤石切面（111），设置真空层，扩胞后放上有机分子，我这个有机分子有点长，于是我扩胞扩得有点大，得到cif文件如图。

不看不知道，一看吓一跳，1000多个原子了！！！
然后在线生成quantum espresso的输入文件试着跑一下，结果跳出个
.........
Estimated total dynamical RAM > 1179.50 GB
只好作罢。。。。

请问一下各位老师，我的操作正确么？有什么办法减少体系，让一般的双路服务器能算得动？？？

之前我们组里类似体系请过代算，代算直接建个镞用orca算的，这样的结果有意义么？

EdwardLimit · 发表于 Post on 2021-10-13 17:52:37

你要不拿经典的分子动力学算吧，算个吸附还涉及不到电子层面的相互作用。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-10-13 18:29:40

跟2楼一样想法，建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子可以多搞点，体系搞到10000原子都OK。如果版权好解决推荐Forcite跑这个

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-13 19:59:07

代算纯属瞎算，骗你钱的
簇就取那么丁点难道还能展现实际情况？代算的考虑背景电荷、capped ECP没？没考虑的话完全就是垃圾数据，稍微碰到点有计算常识的审稿人都会被一通comment
千万别轻易找代算
谈谈我对计算化学代算的看法
http://sobereva.com/505

前面的人说的基于经典力场模拟没问题。若非要第一性原理层面模拟，或许CP2K里用GFN-xTB还能勉强跑跑，但跑得动的时间尺度很短

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-10-14 08:34:51

EdwardLimit 发表于 2021-10-13 17:52
你要不拿经典的分子动力学算吧，算个吸附还涉及不到电子层面的相互作用。

谢谢提示，我再研究研究动力学。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-10-14 08:35:17

ABetaCarw 发表于 2021-10-13 18:29
跟2楼一样想法，建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子可以多搞点，体系搞到10000原子都OK。如 ...

是，如果是动力学，就可以放大体系了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-10-14 08:38:07

sobereva 发表于 2021-10-13 19:59
代算纯属瞎算，骗你钱的
簇就取那么丁点难道还能展现实际情况？代算的考虑背景电荷、capped ECP没？没考虑 ...

确实没考虑那些问题，簇取大些应该会好点吧。当时组里人啥也不懂，就请人算了

我再试试cp2k的xtb看看。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-10-14 10:57:13

renzhogn424 发表于 2021-10-14 08:35
是，如果是动力学，就可以放大体系了

团簇行不通，即便点电荷这些修正全考虑上去，基底的团簇要覆盖你分子的范围其实也要很多原子，这样不现实。还是建议经典力场或TB的方法来整，不过可靠性也全看力场和经验参数质量。

现在这代算是真不行，不知道哪家机构培训几天就敢来做了。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-10-14 18:34:16

卡开发发发表于 2021-10-14 10:57
团簇行不通，即便点电荷这些修正全考虑上去，基底的团簇要覆盖你分子的范围其实也要很多原子，这样不现实 ...

哈哈，谢谢卡老师，那个团簇优化的结果是长链分子包裹了那个团簇。。。。然后我想想这和实际情况是不符的嘛。
多问一下
TB是指xTB么？点电荷修正是什么？有没有相关资料学习下？

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-10-15 01:42:43

renzhogn424 发表于 2021-10-14 18:34
哈哈，谢谢卡老师，那个团簇优化的结果是长链分子包裹了那个团簇。。。。然后我想想这和实际情况是不符的 ...

得看你实际基底粒径大致情况，如果很大，那么长链分子根本没办法以那样的构型吸附，如果不够大问题则更复杂。点电荷即一种背景电荷的方式，这里说的可能不太严谨。TB可以是xTB，也可以是DFTB。

123wy · 发表于 Post on 2022-11-16 16:05:48

ABetaCarw 发表于 2021-10-13 18:29
跟2楼一样想法，建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子可以多搞点，体系搞到10000原子都OK。如 ...

请问一下固体与固体之间的表面吸附Forcite能做吗就像VC和WC 碳化钒是作为抑制剂作用吸附在碳化钨晶体上的

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