求助：纤维素燃烧AIMD模拟的问题

lining · 发表于 Post on 2021-10-15 10:10:09

您好老师，我想使用cp2k利用AIMD方法模拟纤维素与氧气的燃烧反应，刚刚接触这个课题，参照您的http://sobereva.com/587博文中的例子在学习，想问以下问题：
1.纤维素燃烧的AIMD模拟应该使用哪种理论方法和基组啊？
2.如何使用cp2k设置类似于gmx的缓慢升温的过程啊？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-16 02:46:43

1 纤维素原子数巨多，直接跑AIMD根本跑不动，顶多只能建立一个简化模型跑跑。
你先搜相关文章，看已有文章怎么研究的、模型是怎么简化建立的；如果之前没有相关文章这么搞，你问清楚你导师想怎么考虑；如果你发现你导师在这方面是外行，只是脑袋一热想出这么个idea，再加上你本身对这方面不熟，而且AIMD耗时又相当高，>99%概率白算N个月，最终文章也发不出来，劝你别继续搞。

2
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... MPERATURE_ANNEALING
也可以比如CSVR热浴结合一个较大的时间常数，这样趋向参考温度变化会比较缓慢

lining · 发表于 Post on 2021-10-16 08:40:01

sobereva 发表于 2021-10-16 02:46
1 纤维素原子数巨多，直接跑AIMD根本跑不动，顶多只能建立一个简化模型跑跑。
你先搜相关文章，看已有文章 ...

好的，非常感谢sob老师您的回复！

lining · 发表于 Post on 2021-10-17 10:24:39

sobereva 发表于 2021-10-16 02:46
1 纤维素原子数巨多，直接跑AIMD根本跑不动，顶多只能建立一个简化模型跑跑。
你先搜相关文章，看已有文章 ...

sob老师您好，关于纤维素AIMD的文章不是很多，找到一篇是用Gaussian做的，我参照您关于DFT泛函和基组的那两篇博文，自己试着设置了B97M-rV方法和Ahlrichs-def2-TZVP基组，做了纤维素在真空中温度为1100K下进行热解的模型，尝试跑了18fs，发现化学键只有伸缩的变化，但始终没有断裂，请问您这是什么问题导致的啊？麻烦您有时间给解答一下吧，附件是输入文件和输出轨迹文件。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-17 16:10:56

lining 发表于 2021-10-17 03:24
sob老师您好，关于纤维素AIMD的文章不是很多，找到一篇是用Gaussian做的，我参照您关于DFT泛函和基组的那 ...

即使最弱最弱的化学键，断裂也是几百fs级的，纤维素里的化学键都非常强，搞不好需要微秒甚至毫秒级的时间才开始断。
建议先去了解一下Eyring方程，以及一般化学键断裂的活化自由能。跑动力学之前必须先通过诸如活化自由能之类的参数估算你研究的反应发生需要的时间（或者根据实验数据来估算），不能盲跑，这是常识。

lining · 发表于 Post on 2021-10-17 19:50:33

wzkchem5 发表于 2021-10-17 16:10
即使最弱最弱的化学键，断裂也是几百fs级的，纤维素里的化学键都非常强，搞不好需要微秒甚至毫秒级的时间 ...

好的老师，非常感谢您的解答！

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