关于模拟双链DNA分子加水和金属离子体系出现平动问题

AlexJax · 发表于 Post on 2021-10-24 17:20:27

各位老师好，我做动力学的体系是双链DNA分子加水和金属离子，下面是我所编写的md.mdp文件
define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nsteps    = 25000000; 50ns
comm-mode  = angular
nstcomm = 1
comm-grps  = DNA
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 5000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.1 0.1
tc_grps = DNA Water_and_ions
ref_t = 300 300
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

虽然对DNA组消除平动和转动并将nstcomm减小到1，但依旧会出现下图中的问题[难道是我模拟的过程出现问题？模拟过程为em-pr_NVT-pr_NPT-md，其中pr_NPT过程中对重原子的约束力逐渐从1000减小到10]，我想请问各位老师如何在模拟的过程中尽量避免该类问题，并且如何运用trjconv命令来解决我这一体系的周期性问题，感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-25 11:18:34

pr_NVT根本就是多余的
pr_NPT也没必要把默认的限制势力常数（那不叫约束力）减小那么多
体系达到平衡之前不要用parrinello-rahman而应当用berendsen压浴

不要当谜语人，说清楚“依旧会出现下图中的问题”指什么

AlexJax · 发表于 Post on 2021-10-25 18:42:11

本帖最后由 AlexJax 于 2021-10-25 18:46 编辑

sobereva 发表于 2021-10-25 11:18
pr_NVT根本就是多余的
pr_NPT也没必要把默认的限制势力常数（那不叫约束力）减小那么多
体系达到平衡之前 ...

感谢社长回复，现在我重新整理问题：
1.对核酸组消除平动和转动后会出现图1情况（核酸片段会跑出盒子，在另一头又会回到盒子中），出现这种情况如何运用trjconv命令进行解决（我试过运用trjconv命令进行解决，但是问题没有得到解决，有可能是命令输入有问题）？
2.如果把poser中的常数减到很小（像我这样减小到10）来做常规动力学模拟会有什么样的结果？
3.当跑常规动力学模拟时，体系达到平衡的标准是什么，是不是根据结构的rmsd进行判断？
4.pr_NPT中的压浴是否也要用Berendsen压浴？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 15:03:15

AlexJax 发表于 2021-10-25 18:42
感谢社长回复，现在我重新整理问题：
1.对核酸组消除平动和转动后会出现图1情况（核酸片段会跑出盒子， ...

1

2 没有任何理由这么做，相当于引入了人为虚假因素，不被内行质疑才怪

3 看具体体系和感兴趣的地方。如果你想判断结构平衡没有，就用结构的RMSD

4 是

AlexJax · 发表于 Post on 2021-10-26 15:32:51

sobereva 发表于 2021-10-26 15:03
1

收到！感谢社长

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