计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8226|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k中关于NPT_F和NPT_I的选用和相应参数设置

[复制链接 Copy URL]

113

帖子

0

威望

1548

eV
积分
1661

Level 5 (御坂)

本帖最后由 nusiew 于 2021-10-26 09:38 编辑

大家好,我想用NPT来跑熔体体系的AIMD,看到cp2k的NPT关键词有NPT_F和NPT_I两个,如下,官网说NPT_I适用于各向同性的体系,气体、液体以及非晶物质等各向同性的体系是不是都是用NPT_I这个关键词?各向异性的要用NPT_F这个关键词?另外,如果我想要模拟1个标准大气压下的熔体,压强是不是设为1bar就可以了。最后,如下,inp文件除了要在&MOTION部分对ENSEMBLE和PRESSSURE进行声明外,inp文件的其他部分还需要写出那些关键词来匹配NPT的设置呀?谢谢大家!

NPT_F
constant temperature and pressure using a flexible cell
NPT_I
constant temperature and pressure using an isotropic cell


&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NPT_I
    STEPS 1000
    TIMESTEP 1
    TEMPERATURE 1800
    &BAROSTAT
      PRESSURE 1
      TIMECON 1000
    &END BAROSTAT
    &THERMOSTAT
      &NOSE
        LENGTH 1
        YOSHIDA 3
        TIMECON 1000
        MTS 2
      &END NOSE
    &END
  &END MD
&END MOTION

两个对易的厄米算子可以有共同本征函数集

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-10-26 14:26:43 | 只看该作者 Only view this author


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

1548

eV
积分
1661

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 17:17:23 | 只看该作者 Only view this author

请问熔体体系跑NPT之前需要先跑一个NVT吗?这样做有没有什么道理呢?
两个对易的厄米算子可以有共同本征函数集

17

帖子

0

威望

149

eV
积分
166

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2021-10-27 10:17:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ydeyun 于 2021-10-27 10:18 编辑
nusiew 发表于 2021-10-26 17:17
请问熔体体系跑NPT之前需要先跑一个NVT吗?这样做有没有什么道理呢?

社长之前的帖子讲过(http://bbs.keinsci.com/thread-22765-1-1.html

一般平衡体系的动力学只需要三个过程:
能量极小化
预平衡,或者叫平衡相(equilibrium)。用NPT系综
产生相(production)。用NPT系综
预平衡和产生相放到一起作为一个动力学模拟也可以。但由于通常平衡相用berendsen压浴而产生相用PR压浴,所以通常分开做。
路虽远行则将至,事虽难做则必成

113

帖子

0

威望

1548

eV
积分
1661

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 10:56:21 | 只看该作者 Only view this author

我发现用NPT_I跑出来的结果中,盒子在x, y, z三个方向上变化的数值是同步一样的?请问你们跑出来的是这样的吗?

两个对易的厄米算子可以有共同本征函数集

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-10-27 13:00:15 | 只看该作者 Only view this author
nusiew 发表于 2021-10-26 17:17
请问熔体体系跑NPT之前需要先跑一个NVT吗?这样做有没有什么道理呢?

无数人做NPT之前做NVT都是完全多余的,我在论坛回复得有十几次这种问题了,没有特殊理由不要做NVT,纯粹多此一举(除非初始结构真是垃圾得不得了、有特别严重不合理接触)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-10-27 13:01:28 | 只看该作者 Only view this author
nusiew 发表于 2021-10-27 10:56
我发现用NPT_I跑出来的结果中,盒子在x, y, z三个方向上变化的数值是同步一样的?请问你们跑出来的是这样 ...

isotropic本来就是这样,不这样就不叫isotropic了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

8#
发表于 Post on 2025-5-25 21:29:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-27 13:01
isotropic本来就是这样,不这样就不叫isotropic了

卢老师,有几个问题想请教您:
1.CP2K跑NPT时正常结束,未存在单步不收敛情况,是不是CELL_REF就没必要用了。我看我的盒子体积变化在250 立方埃左右。
2.CELL_REF使用后,格点质量发生变化,计算的能量等性质估计都受影响。那这种情况下,哪些计算量存在不准,不能使用和讨论呢。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 19:57 , Processed in 0.219052 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list