求助关于通过限制使得体系中一部分为刚体的方法

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-10-27 10:26:47

我要研究的体系是一个复合物，中间是一部分聚合物，包裹中间这部分的是另外一部分聚合物。我构建完之后需要对体系进行弛豫，但是此时需要对中间的这部分聚合物的原子进行位置限制，然后进行NPT系综的模拟把构建过程中产生的很大的压力释放掉。我开始时尝试了freeze的方式，但是后面发现freeze和NPT一起用结果不正常，然后找了一下资料包括卢老师的博文，发现这两个是非常不建议一起用的。
但是因为使用Gromacs时间不长，对如何使用限制没有头绪。我理解我想实现的是能够通过限制将中间部分聚合物的相对结构保持住，但是其整体是可以移动的，应该就是让其成为一个刚体，这样能和NPT兼容。我能想到的是限制中间这部分体系两两原子之间的距离保持不变，但是不知道这种情况下其质心是怎么运动的。
请问想实现我这种目的的话，应该用哪种限制的方式呢？另外大概应该怎么操作呢？请大家多多指教，先谢谢谢啦！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-27 12:40:51

没法严格使之保持刚性，顶多是把二面角的周期性势函数替换为谐振势，使得二面角相对于极小点位置几乎不会改变。要么额外增加一些距离限制势来保持特定区域结构的刚性

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-10-27 23:02:04

sobereva 发表于 2021-10-27 12:40
没法严格使之保持刚性，顶多是把二面角的周期性势函数替换为谐振势，使得二面角相对于极小点位置几乎不会改 ...

谢谢卢老师回复！
我应该不需要严格保持刚性，因为中间部分是晶态的，主要是保持其初始的结构不发生明显的变化。
再麻烦问下卢老师，您说的这两种约束方法，应该怎么实现呢？或者能否麻烦告诉我应该主要看手册的那些命令或者哪些部分呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-28 03:54:39

mgqqlwq 发表于 2021-10-27 23:02
谢谢卢老师回复！
我应该不需要严格保持刚性，因为中间部分是晶态的，主要是保持其初始的结构不发生明显 ...

在top文件里写个限制，把你要限制的每个原子xyz都加个比如1000的限制，然后跑一段其他地方力释放掉了再把限制去了就行

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-28 10:44:09

mgqqlwq 发表于 2021-10-27 23:02
谢谢卢老师回复！
我应该不需要严格保持刚性，因为中间部分是晶态的，主要是保持其初始的结构不发生明显 ...

看手册里[distrance_restraint]的说明，或者自己修改[moleculetypes]里的[bonds]，给关键原子间（影响整体形态很关键的原子间）加上functype=6型的bond项实现限制

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-10-28 23:31:09

喵星大佬发表于 2021-10-28 03:54
在top文件里写个限制，把你要限制的每个原子xyz都加个比如1000的限制，然后跑一段其他地方力释放掉了再把 ...

谢谢您的回复！可以麻烦稍微详细的解释下top文件具体应该怎么写吗？或者有推荐的教程或者应该重点看手册的那个部分呢？先谢谢啦！

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-10-28 23:32:22

sobereva 发表于 2021-10-28 10:44
看手册里[distrance_restraint]的说明，或者自己修改[moleculetypes]里的，给关键原子间（影响整体形态很 ...

非常感谢卢老师！我详细看下手册，有问题再跟您请教

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